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第二类信息流是基于[[科学]]方法：提出关于生物学活动的假设，设计实验以验证这些假设，评估结果与假设的兼容性，然后根据实验数据对原假设作扩展或修正。第二类的生物信息学应用关注于这一流程中的[[信息传]]递，包括产生假设、设计实验、通过数据库将实验结果组织起来、检验数据与模型的兼容性以及修正假设的各个系统。