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1943年"中美合作所"成立后，白公馆曾改为来华美军人员招待所，到1945年又作为特别看守所重新关人。

抗日爱国将领[[黄显声]]，同济大学校长[[周均时]]，爱国人士廖承志，共产党员宋绮云，徐林侠夫妇及幼子(也就是大家最熟悉的小萝卜头)也是关押在这里。最多时曾有二百多名"政治犯"被关押于此。 小萝卜头原名[[宋振中]]，随着他慢慢长大，父母亲努力为他争取到学习的机会，在狱中，一边随同黄显声将军刻苦学习文化知识，一边不断帮助狱中难友秘密地传递情报和纸条。然而，在解放前夕，特务们残忍地杀害了年仅八岁的小萝卜头。<ref>[https://www.360kuai.com/pc/9997271f35eb1c785?cota=3&kuai_so=1&sign=360_57c3bbd1&refer_scene=so_1 重温历史，缅怀先烈——重庆白公馆一日游] ， 快资讯 2020-02-13 </ref>

1949年11月27日，军统特务对关押在此的革命者进行大屠杀，仅20人脱险。

著名的小说[[《红岩》]]便再现了监狱内部残酷恐怖的囚禁生涯，及革命党人矢志不渝的坚定信念。

大屠杀共有321人遇难

[[厉华]]说，从1949年9月6日至11月29日，军统集中营对"政治犯"进行集体大屠杀，尤以11月27日最为惨烈。根据相关研究报告对抗战后期至重庆解放前夕系列大屠杀殉难者统计:目前有案可查的死难者总数是321人，其中经审查已定为烈士者共计285人，加上5个父母牺牲的小孩，共是290人，叛徒及未定性者共计31人。

据有关资料显示:1949年11月30日，重庆解放。车毅英离开欢迎[[解放军]]进城的人群，独自一人跑向歌乐山。她是原中共川西特委委员[[车耀先]]的二女儿。此时的车毅英还不知道被捕多年的父亲早已被秘密杀害。她以为父亲就关在歌乐山监狱里。

多年以后，车毅英这样描述当日的所见所闻:"白公馆里人去楼空，渣滓洞的余火还在冒烟。渣滓洞楼下的8间牢房里堆满了烧焦的尸体，没有头，没有足，只有一块块焦黑的躯体。围墙的缺口处、房前屋后、厕所内，另有20多具尸体躺在那里。松林坡上三个大坑，满是尸体，血水横流。看见一个个死难者睁目仇恨的眼神、紧握的拳头和流出的鲜血，我说不出一句话。歌乐山上一点声音也没有，可怕的[[寂寞]]，一片[[荒凉]]。"

白公馆的烈士遗书--红岩"狱中八条":

一、防止领导成员腐化;

四、注意路线问题，不要从右跳到"左";

五、切勿轻视敌人;