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1987年2月，各铁路局公安处改名为铁路公安处，在各铁路分局设置铁路公安分处。1990年1月1日起，各铁路公安处升级为铁路公安局。1990年5月，[[铁路公安局]]列入所在省（[[自治区]]、[[直辖市]]）公安厅（局）序列。1990年代，铁道部公安局下设铁路工程公安局，各铁路工程局设公安处，工程局下属各工程处设公安分处。铁道部公安局下设铁道建筑公安局，各铁道建筑局设公安处，铁建局下属各工程处设公安分处。
从2005年1月1日起，铁道建筑公安局和铁路工程公安局脱离中国铁道建筑总公司和中国铁路工程总公司。其后河南省公安厅第一工程公安局、[[武汉市公安局]]重点工程公安分局；襄阳市公安局重点工程公安分局分别成立。2010年1月1日起，铁路工程公安局、铁道建筑公安局正式进入[[北京市公安局]]体制内运行 <ref>[http://news.sina.com.cn/o/2009-12-13/033516763211s.shtml 两支铁警纳入北京市公安局 从明年1月1日起，机构名称分别为铁]，新浪网，2009-12-13</ref> ，机构名称为北京市公安局铁路工程公安局、北京市公安局铁道建筑公安局，作为地方公安机关按属地原则在北京市行政区域内开展工作。
2009年10月，经中央批准，铁路公安局、铁路公安处及铁路公安所（队）从铁路运输企业中全部分离，一次性整体纳入国家司法管理体系，人员编制纳入国家政法专项编制，所需经费由各级财政保障，民警转为[[国家公务员]]，独立于铁路[[企业]]，行使国家[[公权力]]。经中央编办批准，7万余名铁路公安民警通过考核、考试取得中央国家机关国家公务员身份。
2012年3月15日，第十二届全国人民代表大会第一次会议通过《国务院机构改革和职能转变方案》，决定组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责。组建[[中国铁路总公司]]，承担铁道部的企业职责，不再保留铁道部。经中央编办批准，组建铁路公安局（公安部十局），撤销铁道部公安局，铁路公安局由国务院授权、公安部委托中国铁路总公司代管，列入公安部内设机构序列，采取公安部与铁总双重领导、以公安部为主的管理体制。
2018年12月，中办、国办印发《行业公安机关管理体制调整工作方案》，按照“警是警、政是政、企是企”的要求，将[[铁路]]公安、森林公安、交通公安由双重领导调整为公安部领导 <ref>[https://www.sohu.com/a/347592286_120044552 重磅 公安体制重大变革！] ，搜狐， 2019-10-17</ref> 。
2019年，中办、国办印发《公安部职能配置、内设机构和人员编制规定》，组建公安部[[铁路公安局]]（公安部十局），撤销铁路公安局，铁路公安系统不再实行双重领导。改革后，铁路公安系统核定政法专项编制74591名，由公安部统一管理。