2016年政黨再度輪替後，協會扮演監督的角色。在「同婚」和「勞動法修惡」這兩點上，協會於2016年12月2日發表「揚棄婚姻平權、丟了政治誠信」，聲明表示：婚姻平權承諾的是全體國民的平等權利，我們必須殫精竭慮窮盡法律的可能達致這個理想，而非被現有法律圈限認知與想像，才是文明的進歩，也是政治存在的意義，實踐的過程也將成為共同體的歷史。作為領導者，當選之後必須負起闡明價值與排除障礙的責任。 可是蔡總統並未落實選前承諾，導致大眾意見分歧越深。譴責蔡英文總統對於同志婚姻議題的逃避。<br>2019年3月18日，台灣教授協會與其他學者、公民運動者共同組成「[[台灣公民陣線]]」