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本寺為清初福建高僧參徹禪師所創，創建始末存有二種不同的說法： 一說：清康熙四十年，參徹禪師自福建鼓山親奉

「觀世音菩薩」神尊來台。巡錫至仙草埔，將「觀音菩薩」安置大樹下的石頭上當禪師起身欲遊歷他處時，神像卻安住不動。參徹禪師心想：菩薩有意在此渡化大眾。於是，親自開山斬棘，結廬供奉聖像，並誦經說法勸化附近善信。 一說：清康熙五年，參徹禪師受陳永華將軍之請，渡海來台講授佛理。行經關仔嶺，見此山明水秀，有意爾後在此結茅定居。康熙五十八年，禪師自龍湖巖迎請「觀世音菩薩」神像來此奉祀，並對眾誦經說法。因其守戒甚嚴，道心炯烈，故深獲鄉人敬仰，進而集資建廟....<ref>[https://www.da-sian.com.tw/index.html 財團法人大仙寺(台南關子嶺大仙寺)]</ref>

位在白河區枕頭山麓的大仙寺俗稱舊巖，創建於清康熙40年(西元1701年)，主祀神祇有釋迦牟尼、三寶佛祖、觀音菩薩與地藏王菩薩，並且供奉有開山法師之舍利供民眾參拜觀賞。大仙寺為內政部評定之「台閩地區古蹟」，也是國家三級古蹟的國內佛教九大門派之一的廟宇。廟宇建築採用中國佛寺傳統建築，周圍環境清靜典雅，並在大正4年(西元1915年)建大雄寶殿，外貌仿照日本奈良大佛寺，屋頂為「日式屋瓦」樣式，為全台保存日式屋頂結構的2座寺廟之一，大雄寶殿通樑上的擂金畫是彩繪大師李漢卿作品，而大雄寶殿後的「大悲出相圖」則是名畫家潘麗水作品，長年以來香火鼎盛，信眾經常前來參拜沉澱心靈。<ref>[https://www.twtainan.net/zh-tw/Attractions/Detail/512/%E5%A4%A7%E4%BB%99%E5%AF%BA 大仙寺景點介紹(台南旅遊網)]</ref>