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已紀錄兩生類16種，以雪見地區分布13種最多，包括[[盤古蟾蜍]]、[[斯文豪氏赤蛙]]、[[梭德氏赤蛙]]、[[褐樹蛙]]、[[面天樹蛙]]、[[莫氏樹蛙]]、[[台北樹蛙]]等特有種，觀霧地區與武陵地區另有[[山椒魚]]分布紀錄<ref name="ch3"/><ref>{{Cite web |url= http://www.spnp.gov.tw/Article.aspx?a=MR6TqHt3Yoc%3d |title=雪霸國家公園雪見地區兩生爬蟲類調查及遊憩活動影響評估 |author=吳聲海 |publisher=雪霸國家公園管理處 |date=2010-12}}</ref>。已知爬蟲類39種，[[標蛇]]、[[羽鳥氏帶紋赤蛇]]、[[斯文豪氏遊蛇]]、[[台灣鈍頭蛇]]、[[瑪家山龜殼花]]、[[短肢攀蜥]]、[[黃口攀蜥]]、[[哈特氏蛇蜥]]與[[台灣蜓蜥]]等屬於台灣特有種。