[[ 千里眼]](或稱金精獎軍)及 [[ 順風耳]](或稱柳精將軍或水精將軍)相傳為商朝紂王之兩將軍，不幸戰死於武王代紂之戰中。後來成為桃花山裡兩個神怪，經常危害村民。後來被媽祖收服，拜在其門下成為其左右手，故千里眼與順風耳乃被同時供奉於正殿。千里眼位於媽祖之左前方，而順風耳則位於其右前方。

[[神農大帝]]又稱五殼王、五穀先帝、藥王大帝等。除一般農家視其為行業神外， [[ 藥商 ]] 、 [[ 醫師 ]] 亦視其為藥王供奉。此外，一般商人也視其為庇佑商業興隆之神，故也享有許多香火。在本宮中他被供奉於正殿左護龍之神龕中。其右側則供奉有青臉紅鬚之青公(榕公)， 在本宮 建廟之前， 本宮 原址有一巨大榕樹，後來因為建廟需要而將其砍除，並以其樹材為材料雕刻成神像供奉於此，因此青公實為一榕樹神。

本宮 兩處地方供有[[福德正神]](土地公)。其一位於本宮正殿右護龍之神龕中，其二位於觀音殿之右翼。位於觀音殿右翼者，為原有之神像，而位於正殿右護龍者，則為市區其它土地公廟，因市區重劃被拆除後移至此者。相傳土地公為掌管土地之神，其部將為[[虎爺]](即老虎)，故上述兩處土地公之供奉處，也同時供有虎爺為其配祀。由於在清朝時期彰化衙役人員為了以私人身份護衛往來笨港進香香擔，曾以虎爺為中心，組成「虎仔爺會」，故虎爺在南瑤宮內之地位比其它廟宇較受尊崇。