东莞东站为一座地面铁路车站，采用上进下出为主的进出站方式，站房主体分为三层：最下面为架空层、即负一楼，与地面广场基本持平；

位于架空层上面的是第一楼，由一道大[[台阶]]和两台扶手电梯与地面连接；位于一楼站厅上方的第二楼、三楼均在站房室内，其中一、二楼站厅间也设有扶梯。