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1945年，[[国民政府]]教育部决定在[[国立北京大学]]、国立[[浙江大学]]、[[国立山东大学]]和[[国立武汉大学]]四所高校设立医学院。原北京大学医学院改组为北平临时大学补习班第六分班，该班连同附属医院（北大医院）再次组成北京大学医学院。院长为马文昭。部分原医学院教授遭解职。而新聘师资中云集了一大批欧美留学[[博士]]。
1952年在全国高校院系调整中，北京大学医学院脱离 [[ 北京大学 ]] ，独立为北京医学院。1954年，北京医学院成为全国六所重点院校之一。1958年，原中央医院并入北医，成为第二附属医院（现北京大学人民医院）。从北大医院、建工医院和平安医院新组建了北医三院。1959年，北京医学院成为全国十六所重点院校之一<ref>[https://new.qq.com/omn/20181008/20181008A0879I.html?pc 想学医的考生必看！全国排名前三的医学院，一个在上海，两个在北京]，腾讯网，2018-10-08</ref>
1960年，北京医学院组建北京第二医学院（现首都医科大学）。同时大批骨干师资西行[[洛阳]]、[[兰州]]、[[内蒙古|内蒙]]、酒泉等地支援地方建设。1985年，更名为北京医科大学。并成为全国10所重点建设院校之一。1996年，成为国家首批“211工程”重点支持的[[医科大学]]。