河流较多，海岸蜿蜒曲折多海湾，盛产金刚石，储量居亚洲之首。西侧的苏门答腊岛多火山，盛产优质石油和煤，临爪哇海的东海岸有广阔的平原，广布沼泽，岸线平直无海湾。南侧的爪哇岛是 印度尼西亚最重要的岛屿，国家的政治、经济、文化中心，多火山。地震频繁。主要港口有雅加达、泗水、三宝垄等 <ref>[http://dy.163.com/v2/article/detail/E8KRPRK70519CSGF.html 爪哇海河流较多，海岸蜿蜒曲折多海湾盛产金刚石，储量居亚洲之首]，网易，2019-02-22 </ref> 。东侧的苏拉威西岛由4个半岛组成，西南角的乌戎潘当（望加锡）是印度尼西亚东部最大的港口、贸易中心和海边基地，也是亚洲和大洋洲之间的交通枢纽。

属浅海，岸边多珊瑚礁滩，浅水面积大，平均深度46米。整个中西部水深均浅于200米，一般水深仅40-50米，多为沙泥和贝壳底。东端有一片深水区，深度200-1000多米，望加锡海峡南口水深1580米，为海区最深点 <ref>[https://www.sohu.com/a/347963162_353978 印度尼西亚的望加锡海峡，为何与马六甲海峡相提并论？] ，搜狐，2019-10-18 </ref> 。9-5月，海水表层向西流动，其他月份向东。海水含盐度因周围诸岛河水大量注入而降低。