[[大学]]刚成立时，主要负责萨克森埃奈斯提地区的[[法律]]、神学、[[医学]]的地区教育。在成立的五年之后，肥特列三世又于万圣节时，将一所新的高等学院以及维滕贝格城堡合并于大学内。第一任的校长为马丁·波李西，他是神学院（全名：约翰·冯·史陶皮兹神学院）的建院系主任，里面的大学讲师如来自卡尔城的安德烈·博登思坦任教于早期的大学时代。这所神学院后来又于1508年聘任了 [[ 奥古斯丁 ]] 区的僧侣：马丁·路德。之后又有尼可拉斯·冯·安姆思朵于大学中讲授希腊语言学。