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小腸移植是一個高度實驗性步驟，僅應用於少部分病人。

移植種類

現代臨床小腸移植的概念已不僅僅局限於傳統意義上的單獨小腸移植，而是包括三類：

1.單獨小腸移植；

2.肝小腸聯合移植：適應於腸衰竭合併全腸外營養（TPN）所致的肝功能衰竭；

3.腹腔多器官聯合移植：移植包括胃、胰腺、十二指腸、小腸及肝臟。

主要適應症

1.各種原因所致小腸廣泛切除術後的短腸綜合徵：包括先天性小腸閉鎖、腸扭轉所致小腸廣泛壞死、壞死性小腸結腸炎、創傷、腸繫膜血管或門靜脈系統血栓形成或缺血、克羅恩病反覆手術所致小腸廣泛切除；

2.消化道動力障礙：包括慢性假性腸梗阻、內臟神經病變、消化道神經節細胞缺如（Hirschsprung’s病）；

3.先天性腸粘膜病變導致的嚴重吸收不良病，如微絨毛包涵體病（microvillus inclusion）、絨毛狀腸病(tufting enteropathy)；

4.放射性損傷；

5.難以控制的分泌性腹瀉；

6.自身免疫性腸炎；

7.先天性消化道畸形，如腹裂、先天性小腸閉鎖；

8.局限性硬纖維瘤；

9.多發性息肉病，如Gardner’s綜合徵；

醫學術語

這些病人由於腹內疾病(如腸扭轉、中毒性小腸結腸炎、外傷)使腸吸收表皮受損。目前，小腸移植應限制在不能耐受慢性腸外營養的病人，因而，為了生存無其他的選擇。目前首次報道了小腸移植後移植物存活1年以上並有完整的小腸功能。需提出的問題是供移植的小腸節段的適宜長度，移植物採用全身血管引流，門靜脈引流，在受者胃腸道中移植物連續性的適合程度和有關異體小腸供者生活方式的作用。由於存在着腸相關淋巴樣組織，移植物對宿主的疾病(GVHD)是小腸移植的一個問題，明顯大於其他有血管器官的異體移植.在移植小腸前去除會引起GVHD的細胞,或許也會減少器官的免疫原性，這是一個有興趣的實驗研究.。