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北京市衛生局根據中共中央、國務院批准的北京市人民政府機構改革方案和《北京市人民政府關於機構設置的通知》（京政發〔2009〕2號），設立北京市衛生局（簡稱市衛生局）。北京市衛生局是負責北京市衛生工作的市政府組成部門。2014年，市衛生局和市計生委合併成為市衛計委；2018年，北京市衛生和計劃生育委員會、市深化醫藥衛生體制改革領導小組辦公室、市老齡工作委員會辦公室的職責，以及市安全生產監督管理局的職業安全健康監督管理職責等整合，組建市衛生健康委員會，作為市政府組成部門。

主要職責

(一)貫徹落實國家關於衛生方面的法律、法規、規章和政策，起草本市相關地方性法規草案、政府規章草案；擬訂衛生改革與發展的總體規劃，推進醫藥衛生體制改革；統籌協調北京地區衛生資源，擬訂區域衛生規劃，並組織實施。

(二)擬訂並組織實施本市基層衛生、婦幼衛生、精神衛生和初級衛生保健工作規劃和政策措施。指導基層衛生服務體系建設，負責婦幼保健的綜合管理和監督。

(三)負責本市疾病預防控制工作。擬訂地方免疫規劃及政策措施，組織有關部門對重大疾病實施防控與干預，負責傳染病疫情信息的報送工作。

(四)負責本市衛生應急工作。擬訂衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件監測預警，組織實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置；承擔北京市突發公共衛生事件應急指揮部的具體工作。

(五)貫徹中西醫並重的方針，推進中醫藥的繼承、創新與合作。

(六)根據職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公共場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責消費環節的食品安全監督管理。

(七)負責本市醫療衛生行業監督管理。擬訂醫療機構醫療服務、技術、質量和采供血機構管理的規範、標準以及醫務人員執業管理規定，並監督實施；組織擬訂醫療衛生職業道德規範；建立醫療服務評價和監督體系；推動公民無償獻血工作。

(八)擬訂本市醫學科技、教育發展規劃，並組織實施；負責醫學科研基金項目管理和醫學科技成果推廣、應用工作。

(九)負責本市醫藥衛生系統人才工作的綜合管理，組織協調並落實本系統人才隊伍建設工作，貫徹執行國家衛生技術人員資格認定標準。

(十)組織指導本市衛生方面的國際交流及衛生援外工作。

(十一)承擔愛國衛生運動方面的有關工作。

(十二)負責本市保健對象、醫療關係在本市的中央單位保健對象的醫療保健工作，負責市、區縣各部門幹部醫療保健的管理工作。

(十三)負責國家基本藥物目錄製度的實施工作，擬訂北京地區藥品推薦使用目錄，組織實施基本藥物和醫療機構藥品的集中採購工作。

(十四)參與擬訂建立健全本市衛生事業經費保障機制的相關政策，負責醫藥衛生行業收費的監督管理工作，參與擬訂醫療服務價格。

(十五)負責在法定權限內對公共衛生、醫療、餐飲方面的安全工作承擔監督管理責任；擬訂本市衛生醫療機構有關安全方面的規章制度，並監督實施。

(十六)承辦市政府交辦的其他事項。

職責調整

取消的職責

已由市政府公布取消的行政審批事項。

增加的職責

實施國家基本藥物目錄制度，擬訂北京地區藥品推薦使用目錄的職責。

轉變的職責

1.加強對公共衛生服務、醫療服務及醫療衛生機構的監督管理職責。2.深化醫藥衛生體制改革，堅持公共醫療衛生的公益性質，堅持預防為主、以農村為重點、中西醫並重的方針，堅持為人民健康服務的方向。3.強化在法定權限內對公共衛生、醫療、餐飲方面的安全工作承擔監督管理責任。4.強化在職責權限範圍內為中央在京單位服務的職責。