毎逢星期四由博多出發，整個車程共分為五日，並按下列的路桯行經。可以選擇全部或個別路程（以日為單位），連午膳的車費約為1-2萬日元不等<ref name="nishinippon-np" /> 。其中，可供上、落的車站共有10個，另有9個特別停車站，可安排乘客暫時離開車廂參與活動或觀光，但不可以離開了車站範圍（除非安排的活動在車站範圍外，如重岡站）<ref name="press release 3">{{Cite press release|url=http://www.jrkyushu.co.jp/news/__icsFiles/afieldfile/2020/01/28/200128Newsrelease03.pdf|archiveurl=https://web.archive.org/web/20200306072912/http://www.jrkyushu.co.jp/news/__icsFiles/afieldfile/2020/01/28/200128Newsrelease03.pdf|format=PDF|language=ja|title=「36ぷらす3」各ルート内で停車する駅について|publisher=九州旅客鉄道|date=2020-01-28|accessdate=2020-07-01|archivedate=2020-03-06}}</ref>。特別停車站通常會安排地元團體售賣當地物產，或者是在被稱為「[[秘境車站]]」停車瀏覧<ref>{{Cite web|url=https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/2001/30/news109.html|title=1日3本しか停まらない「あの駅」にも停まる……!!　JR九州の新観光列車「36ぷらす3」の停車駅が、とても「濃い」|website=ねとらぼ|publisher=[[ITmedia]]|date=2020-01-30|accessdate=2020-02-29|archive-date=2021-01-17|archive-url=https://web.archive.org/web/20210117065254/https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/2001/30/news109.html}}</ref>。

1、2、3號車的個室乘客，因乃全為透過旅行社購買的套票，因此均會提供車內午膳服務（星期一由長崎至博多為晚餐）。另外不同個室有最少使用人數，4座位個室、6座位個室需最少3人；2人個室最少為1人，如人數不足，則有機會加收最少1人的費用<ref name="pr20200630" /> 。

5、6號車的座席乘客，如透過綠窗口購買，基本車費及特急費用均與一般列車相同（採取B特急費用），另外再加綠色車廂車費：150公里以內為3,300[[日圓]]、151-200公里為4,300円、201km公里以上為5,300円，大小同價<ref name="pr20200630" /> 。