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麻豆區（臺灣話：Muâ-tāu khu）位於臺灣臺南市中部偏西北，北鄰下營區、學甲區，西鄰佳里區，東鄰官田區、善化區，南接西港區、安定區，地處嘉南平原中央地帶，區內地勢平坦，並自東南向西北傾斜，其西北地帶為古倒風內海所在。境內土壤肥沃，有曾文溪自區境東南邊流經，經濟活動以農牧業為主，代表作物為文旦，有「柚城」的美名，在臺灣享有極高知名度。行政區域大多位於曾文溪以北，僅少部分位於曾文溪以南，與善化區溪美里以及安定區蘇厝里相鄰。
名稱由來
麻豆區早期為蔴荳社的聚落所在，故舊稱為「麻豆番社」。「麻豆」的由來有兩種說法，一說來自於西拉雅語的 Mata（眼睛、目）和au（港澳）合併而成，即眼睛、樞紐之意, 荷蘭時代寫作Mattau、Mattauw。中央研究院臺灣史研究所翁佳音則認為麻豆一名可能源自漢人的「碼頭」，並以荷蘭文獻佐證原住民事實上稱麻豆為「Toukapta」。
過去認定麻豆社為西拉雅族傳統四大社之一，但李壬癸等語言學者則根據音韻演變，發現麻豆社 17 世紀以降所採集的音韻演變與灣裡社一致，語言應屬於大武壠語。
歷史沿革
史前時期
2000年4月於此地發現「過港貝塚」及「千年人骨」，屬「蔦松文化」，推測麻豆出現人類聚落的歷史，應超過上千年。
古代麻豆靠海，位於倒風內海岸邊，可行船至此。在14、15世紀時，就有中國的漁民和商人來此與西拉雅族人做生意。
荷蘭時期
荷蘭統治時期，西拉雅族四大社之一的「蔴荳社」居住在此。荷治時期初期，麻豆社原住民曾反抗荷蘭人統治，1629年7月13日發生麻豆溪事件，蔴荳社原住民趁荷蘭東印度公司士兵欲渡河攻打海盜時偷襲，殺害52名荷蘭士兵。唯因當時荷方實力僅達大員一帶自保，無力直接。征伐蔴荳社。新任大員長官普特曼斯只能於1629年11月針對攻擊目加溜灣社，對麻豆社做殺雞儆猴。目加溜灣社遭攻擊後麻豆社求和。 1635年9月開始，麻豆社遭遇天花襲擊，損失約200名至300名戰士。11月普特曼斯聯合新港、蕭壠社發起麻豆社之役，麻豆社26人死亡、遭放火燒為灰燼。麻豆社向荷方表示歸順，12月雙方簽訂《麻豆協約》。
荷蘭人為經營當地的蔴荳社原住民，曾在麻豆設「教會大學」。於1637年4月興建學校及建築教員住宅。到1638年2月，除35呎教會場和181呎校舍外，還有教員舍數間。當時信基督教者已達二千人。
鄭氏到清治時期
1661年4月，鄭成功登陸臺灣後，登陸後數日，曾親率部將楊英等人親赴包括麻豆在內四社等地勘察。隨後諭告官兵、家眷：「准就此處擇地起蓋房屋，開闢田地，盡其力量，永為世業」，唯其先決條件「不許混圈土民及百姓現耕田地」。[1]而從《梅氏日記》中，可看出鄭氏的拓墾活動刻意避開麻豆等社的態勢。當時自茅尾港（今下營區）到諸羅山（今嘉義市）等地依序發展中，在番人村落中，社外及社內都被耕種。唯有茅尾港以南至普羅民遮城之間，僅有村社與村社之間的鄉村道路旁，有鄭氏王朝軍士拓墾跡象。顯現當時麻豆地區，仍有強大的原住民力量。 清代以後，漢人在康熙雍正時期已在麻豆東半部，形成以水堀頭為中心、以及虞朝莊等聚落的拓墾區。而麻豆社人也逐漸被漢化，康熙三十六年（1697年）郁永河經過四大社時，看到他們不論男女仍「披髮不褲，猶沿舊習」。到康熙末年時，四大社已經「衣褲半如漢人」。唯當時地方公共事務上，麻豆地區的義渡、寺廟，不是麻豆社「番」負責，就是有社「番」的參與。特別是麻豆社往來南北的灣裡溪渡，以及較北方的鐵線橋渡，直到乾隆六年（1741年）仍由麻豆社人設渡濟人；灣裡溪則是由麻豆社和灣裡社輪流派渡。
隨著康熙雍正時期，麻豆社與四大社原住民遭清廷官方徵召參予平定吞霄社「番」亂及朱一貴事件等大戰鬥，或者勞役、番餉的徵課以及陋規的索取。使得麻豆社逐漸衰落。清乾隆以後，（18世紀中葉）漢人勢力在麻豆增長，漢人街庄陸續成立。乾隆六年（1741年），劉良璧的《重修臺灣福建府志》中仍未出現「麻豆保」，直到乾隆二十年（1755年），「麻豆保」出現在文獻記錄上。顯示麻豆已由原住民轉為漢人主導。麻豆社人則日漸萎縮，並且有移往他地現象。唯從麻豆文衡殿及北極殿的碑文，仍可見麻豆社人活動跡象。麻豆不少廟宇亦建於此時，如護濟宮（乾隆46年）、文衡殿（雍正12年）、北極殿（乾隆16年重建），以及漢化後的麻豆尪祖廟（乾隆44年）。以原麻豆社祖廟文衡殿（麻豆關帝廟）為例，在乾隆三十九年（1774年）重建時，社「番」雖仍參與，但漢人已顯然成為主要出資者，「番」廟也轉成漢廟。
乾隆年間，漢人在麻豆的活動已能在水堀頭建造三合土港口，並建設水堀頭橋及碑文。在遺址出土的三合土建構為麻豆港的遺跡，留有乾隆乙亥年（乾隆二十年，1755年）由國學生吳仕光等人立的水堀頭橋碑。
19世紀後，麻豆的漢人社會已達另一規模。出現新一批地方家族，如與板橋林家、霧峰林家並稱的「麻豆林家」始祖林文敏，即於嘉慶四年（1799年）渡臺，在麻豆經營糖業、酒業及兩岸貿易。到林文敏於道光二十一年（1841年）去世時，麻豆林家已成麻豆首屈一指家族。並有能力聘請教師教育後代，使家族成員取得功名。然而漢人社會主宰的麻豆，也顯示原麻豆社人的漢化或遷移他地。如道光末年，丁紹儀的《東瀛識略》記載麻豆等社：「均雜處民間，存番無幾；往昔番廬胥成村市，舊社無從蹤跡矣。」
清代漢人在麻豆的產業包括製糖及製酒業，原住民時代只有小規模手工製糖。漢人移民增加後，設置糖廍製糖。如林文敏即以經年累月之積蓄得以獨資開設糖廍。麻豆地區的製糖大家除林文敏外，亦有出身大埕郭家的郭占魁、出身寮仔廍的鄭品、出身安業的李都等。糖廍的設置也使麻豆出現「寮仔廍」、「四六廍」、「廍地」等地名。
日治時期
日治初期仍延襲清國舊制，1898年設「蔴荳辦務署」，明治三十四年（1901），廢縣改置廳及支廳，麻豆歸鹽水港廳管轄，設蔴荳支廳。
明治三十一年（1898年）10月1日，日本政府於麻豆設置最初學校「蔴荳公學校」（今麻豆國民小學），教場位於今東角里。大正十年4月24日，將女子部分設立為蔴荳女子公學校（今培文國民小學）。
明治三十九年（1906年）12月，明治製糖株式會社在麻豆總爺設置。由澀澤榮一（任顧問一職）、小川䤡吉（任取締役社長）、（任專務董事）等人出資成立。明治四十四年（1911年）時於溝仔墘莊設立新式製糖工場，稱為總爺製糖所（後來的麻豆糖廠、現臺南市總爺藝文中心），壓榨能力為1500公噸，明治四十五年（1912年）正式開工製糖。
明治四十二年（1909年），廢除鹽水港廳，蔴荳支廳改隸臺南廳，麻豆分屬蔴荳區、寮仔廍區、佳里興區及安業區。
明治四十三年（1910年），「臺南尋常高等小學校蕭壟分教場蔴荳分離教室」於總爺製糖所廠區內設置。1933年遷校至麻豆街南勢。1941年，校名改稱「麻豆國民學校」（今麻豆國中）。
日治初期，林森曾客居麻豆。當時林森於日治下臺灣嘉義任翻譯官，與地方仕紳頗有交往。當時以麻豆林家七房的林志圖為最。林志圖頗為富有，當林森欲返回中國參加革命工作而辭官時。林志圖曾贈以二百兩資助。日後國民政府成立後，林志圖於報上得知林森出任國民政府主席，於1930年偕子林士賢至南京會晤林森，請林森栽培林士賢。
大正9年（1920年），市區改正，臺南廳改臺南州。蔴荳去草字頭改為麻豆街，屬臺南州曾文郡管轄，麻豆街亦為曾文郡治所在。
昭和十三年（1938年）3月，日本政府於麻豆街設立曾文神社。其社格原為無格社，後於1944年5月28日升格為鄉社。祭神為開拓三神（大國魂命、大己貴命、少彥名命）及北白川宮能久親王，例祭日為10月28日。
昭和十三年（1938年）3月31日，臺南州立曾文實踐女學校（今國立曾文高級家事商業職業學校，簡稱曾文家商）於麻豆街設置。
昭和十六年（1941年）3月1日，自來水通水。
昭和十六年（1941年）4月22日，曾文專修農業學校（今國立曾文高級農工職業學校，簡稱曾文農工）於麻豆街創校。
太平洋戰爭末期，日本統治下的臺灣成為盟軍轟炸對象。美軍亦前來空襲麻豆，當中最受損者為總爺糖廠。在頂街（包括街役場）、下街市場一帶、巷口角一帶夷為平地。當時日軍已喪失空防能力，只能任美軍低飛掃射，及投下燒夷彈或炸彈，人民大多藏在防空壕過日。麻豆之被炸原因，包括糖廠在附近，為破壞製糖及庫存能力阻止轉於軍方、也包括麻豆菜園多、土井之吊荷外型像高射砲。
戰後時期
二次大戰後，中華民國接收台灣。11月官派時任麻豆街助役陳西湖接收麻豆街，為「麻豆街代理街長」，1946年撤銷曾文郡役所，改曾文區署，麻豆街改為「麻豆鎮」。1950年「臺南縣麻豆鎮」成立，陳西湖即出任第一任麻豆鎮長。
1951年，實施地方自治，首任民選鎮長由張拔當選。
白色恐怖時期，麻豆鎮發生政治案件麻豆案
1956年，麻豆水堀頭遺址「龍喉」及「鳳池」出土，地方上展開大規模挖掘，造成地方轟動。據吳新榮《震瀛採訪錄》記載，當時為南鯤鯓代天府五王爺指示該地為「龍喉穴」，因此引起信徒挖掘。唯當時時值戒嚴時期，一度引起上級政府注意，初期以為麻豆發生暴動，派治安單位調查，才知道是出於信徒自發的信仰行為。當時臺灣省主席嚴家淦視察臺南縣時，曾專程到水堀頭視察。在挖掘「龍喉」要將一粒石車從堀底挖上來時，臺糖麻佳總廠廠長於升峰在上級授意下，答應出借馬圭車。後挖出十二個大石車、巨樟、碗片等。引起臺南縣文獻會關注，臺南縣文獻會編纂組長吳新榮與盧嘉興等人推測這些石車為當時的水利工程。同年，因應南鯤鯓五王回鑾駐蹕麻豆，麻豆代天府（五王廟）重建。
1971年4月11日，麻豆前班農民莊金堯於農田挖掘古井時，出土荷蘭時期的古銅砲，被視為與荷蘭時期設於麻豆社的學校有關。
1999年11月19日，在地方人士爭取下，原麻豆糖廠辦公建築經臺南縣政府列為古蹟，定名為南瀛總爺藝文中心。
2008年6月，臺南縣政府在麻豆水堀頭遺址處整建為「蔴荳古港文化園區」。
2017年11月10日，經臺南市政府核定及公告，全區29里調整為20里、392鄰調整為293鄰。並於2018年1月29日及4月30日分兩階段實施。