1955年，馬寅初在全国人大一届二次会議浙江组的会议上，表明了实行计划生育的必要性，但赞成者很少，馬寅初认为时机不对，乃主动将发言稿收回。从1920年代起，馬寅初在各種报道中，对中国的人口増加表示忧虑。1954年至1955年，馬寅初三次到[[浙江省]]实地調査，为構建理論进行准备。1957年2月，在[[最高国務会議]]上，馬寅初提出计划生育政策的提案，获得多数赞成。同年6月的全国人大一届四次会議上，馬寅初作了“新人口论”的书面发言，正式提出[[独生子女政策|计划生育]]的提案，7月5日在《[[人民日報]]》发表《新人口論》一文。<ref name=wang/><ref name=beipi/>
===遭到批判 ===
1957年6月8日，《人民日报》发表社论《这是为什么？ 》，此后，中共领导的整风运动转入[[反右]]。1957年11月11日，《光明日报》社务委员会邀请各民主党派中央负责人及马寅初等无党派人士举行会议，决定“正式撤销[[右派]]分子[[章伯钧]]的《光明日报》社社长职务、右派分子[[储安平]]的《光明日报》总编辑职务，任命[[杨明轩]]为社长，[[陈此生]]为副社长兼总编辑”。<ref name=sxdx>[http://www.sgrk-jsj.gov.cn/typenews.asp?id=4272 梁中堂，马寅初事件始末，中共山西省委党校学报2011年第05期]{{dead link|date=2018年5月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref>
马寅初及其人口论并未受到中央层面的重点批判。从1957年至1959年，《人民日报》仅发表了三篇涉及批评马寅初的文章。1957年10月4日，《人民日报》发表署名[[李普]]的《不许右派利用人口问题进行政治阴谋》，1958年6月6日，《人民日报》发表署名“权仲”的《我国人口和就业问题》，1959年4月15日发表署名“若水”的《人口与人手》。这三篇文章中，署名“权仲”的《我国人口和就业问题》点了马寅初的名字，其他两篇未直接点名。三篇文章的批判重点都不是马寅初。<ref>李普，不许右派利用人口问题进行政治阴谋，人民日报1957年10月4日</ref><ref>权仲，我国人口和就业问题，人民日报1958年6月6日</ref><ref>若水，人口与人手，人民日报1959年4月15日</ref>
1958年，中华人民共和国开展了[[民主党派]]整风和高校“双反”运动。1958年1月，马寅初的《我的经济理论、哲学思想和政治立场》一书出版。其后，《计划经济》发表了针对马寅初的经济理论进行商榷的文章，《经济研究》和《教学与研究》也启动了刊发商榷文章的活动。1958年4月19日，[[民主党派]]共同主办的《[[光明日报]]》以反映全国“双反”运动的形式，在新开辟的“读书”栏目第3期上以“选自北京大学的大字报”的方式，刊登了[[韩佳辰]]的《“团团转的联系”不是唯物辩证法——评马寅初著〈我的经济理论、哲学思想和政治立场〉》以及中国革命史教研室[[周家本]]、[[强重华]]的《评马寅初的“新人口论”》这两张大字报，由此揭开了批判马寅初的序幕。5月9日，《光明日报》刊登了马寅初《再谈我的平衡论中的“团团转”理论》一文，文中马寅初进行了申辩。此后，《光明日报》刊登了一批批判马寅初的文章。6月1日，《光明日报》以“学术动态”综述的方式刊发了《是无产阶级思想？还是资产阶级思想？学术界对马寅初论著展开辩论》，提升了批判调门。6月6日《人民日报》发表权仲的《我国人口和就业问题》点了马寅初的名字后，《光明日报》一度加速刊登批判马寅初的文章。11月29日，《光明日报》在“彻底批判资产阶级学术思想”的标题下，发表了“北京大学经济系批判马寅初经济思想小组”的3篇批判文章，此后，《光明日报》暂停了对马寅初的批判。截至1958年11月份，《光明日报》发表了37篇批判马寅初的文章，其他中国各报刊（2家报纸，10家学报或学术期刊）公开发表了30篇批判马寅初的文章，合计67篇。<ref name=sxdx/>这些批判指控马寅初的新人口论源于[[托马斯·罗伯特·马尔萨斯|马尔萨斯]][[马尔萨斯人口论|人口论]]，企图怀疑社会主义优越性，蔑视人民大众，等等。<ref name='Tien'>{{cite journal|title=Demography in China: From Zero to Now|journal=Population Index|first=H. Yuan|last=Tien|coauthors=|volume=47|issue=4|pages=683–710|id= |url=http://links.jstor.org/sici?sici=0032-4701%28198124%2947%3A4%3C683%3ADICFZT%3E2.0.CO%3B2-F|format=|accessdate=2008-01-13|doi=10.2307/2736034 |date=Dec 1981|date=1981}}</ref><ref>Shapiro (2001), 38–43.</ref>
1959年，马寅初仍然正常参加各种国事活动。3月12日，继续当选第二届全国人大代表。4月12日，当选第三届全国政协委员。4月27日，当选第二届全国人大常委会委员。5月2日，马寅初作为中苏友好协会副会长参加了中苏友协第三次全国代表会议，并当选为新一届理事。5月3日，马寅初参加首都纪念“五四”40周年纪念活动，在主席台前就座。9月15日，马寅初参加了[[毛泽东]]主席邀请各民主党派团体负责人会议。9月28日，马寅初在中华人民共和国成立10周年庆祝大会上和[[毛泽东]]、[[刘少奇]]等[[党和国家领导人]]在主席台就座。<ref name=sxdx/>
1959年底之前，仅有《新建设》、《经济研究》、《厦门大学学报》各刊登1篇批判马寅初的文章。1959年3月，马寅初要求《北京大学学报》第1期全文转载其分4天刊登在《光明日报》的《再论平衡论和团团转》。《[[新建设]]》1959年11月号和《北京大学学报》第5期同时发表了马寅初写的《我的哲学思想和经济理论》一文。此后，《[[光明日报]]》1960年1月开始、《新建设》1959年12月号等报刊接连发表批判文章。1959年12月19日，《新建设》杂志向中共北京大学党委（[[陆平]]任党委第一书记）发来一封信函，内称马寅初送来《重申我的请求》一文，要求发表在《新建设》1960年1月号上，《新建设》杂志将该文随此信函寄给中共北京大学党委，希望后者审看。<ref>“新建设”编辑部给党委会的来信，北京大学校刊，1959年12月25日，第二版</ref>12月24日，北京大学“人口问题研究会举行学术讲演会”“批判马寅初‘人口论’”。自此至1960年1月，[[北京大学]]的北京大学毛泽东经济思想学习研究会、北京大学毛泽东哲学思想学习会、北京大学人口问题研究会掀起了批判马寅初的高潮。1960年1月11日，上述三个学会联合召开“马寅初经济理论哲学思想和政治立场讨论会”，会上除了一些教师发言外，校办秘书韩苹卿揭发马寅初持有巨额股票，并揭发马寅初反对土地改革，同情右派分子[[罗隆基]]和[[章伯钧]]、[[章乃器]]。韩苹卿的揭发煽动起了与会者的愤怒，马寅初遭到与会者围攻。<ref>我校人口问题研究会举行学术讲演会 批判马寅初“人口论”，北京大学校刊，1959年12月25日，第一版</ref><ref>本校三个学会将联合举行“马寅初经济理论哲学思想政治立场讨论会”进一步批判马寅初的谬论，北京大学校刊，1960年1月9日，第一版</ref><ref>三个学会举行马寅初经济理论哲学思想政治立场讨论会继续批判马寅初的谬论，北京大学校刊，1960年1月13日，第一、四版</ref><ref name=sxdx/>1月12日，马寅初血压升至190，住院治疗。1月13日，《北京大学校刊》报道了上述三个学会联合批判马寅初的会议情况，以及[[陈岱荪]]等人在会上的批判发言。此后，北京大学再无关于马寅初的消息发表。<ref name=sxdx/>1960年，《新建设》1960年1月号发表了马寅初《重申我的请求》，内称，“过去二百多位先生所发表的意见多是大同小异，新鲜的东西太少，不够我学习”。<ref name=beipi/>1960年1月，馬寅初请辞北京大学校長职务。<ref name=wang/>3月28日，国务院决定免去马寅初北京大学校长职务。<ref name=sxdx/>
此后，马寅初仍任第二届全国人大常委等职务。1962年1月，马寅初到浙江嵊县视察，“患肺炎，此后元气大伤，双腿行动不便”。1965年，马寅初一条腿瘫痪。1964年底到1965年初，两会召开，马寅初卸任全国人大常委，改任全国政协常委。1965年8月7日，周恩来主持茶话会欢迎归国的[[李宗仁]]，马寅初应邀出席。同年，纪念孙中山诞辰100周年筹委会成立，[[刘少奇]]为主任，马寅初等人为委员。<ref name=sxdx/>
[[文化大革命]]中，马寅初基本未受到冲击。<ref name=sxdx/>1972年，因患[[直肠癌]]，经[[周恩来]]总理批示，[[天津市人民医院]]院长、“反动学术权威”[[金显宅]]率医疗小组为90岁的马寅初做直肠癌切除手术。<ref name=sina/>手术后，马寅初下半身全部瘫痪。<ref name=wang/>1976年周恩来逝世后，马寅初到医院向遗体告别。1977年5月1日，马寅初参加了[[中共中央主席]]、国务院总理、中央军委主席[[华国锋]]出席的游园活动，这是“文化大革命”结束后首度社会各界首次举行的重大活动。1978年初，邓小平第3次复出后，担任第五届全国政协主席，马寅初被安排为全国政协常委，并为全国政协大会执行主席之一。<ref name=sxdx/>
由于批判馬寅初的人口理論，中国人口继续增加。主持[[平反冤假錯案]]的[[中央組織部]]長[[胡耀邦]]在審閱馬寅初的材料后說：“當年毛主席要是肯聽馬寅初一句話，中國今天的人口何至于會突破十億大關啊！批錯一個人，增加几億人。我們再也不要犯這樣的錯誤了。共產黨應該起誓：再也不准整科學家和知識分子了！”<ref>{{Cite news |
url=http://news.takungpao.com.hk/history/story/2013-02/1425275_2.html |
title=馬寅初：人口問題不是政治問題 | date=2013-02-04 | work=文史參考 | publisher=[[大公報]] | location=香港}}</ref><ref>{{Cite news |
url=http://www.people.com.cn/BIG5/shizheng/252/8434/8437/20020613/751972.html |
title=馬寅初與毛澤東人口問題的一場論爭 |
author=賀吉元 | work=《中國檔案報》| date=1998-10-15 | publisher=[[人民日報]]}}</ref>
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=== 晩年 ===