西域国家主要分布在[[塔里木盆地]]、[[吐鲁番盆地]]和以北[[准格尔盆地]]的边缘，利用从高地上溶化的水在绿洲上生活，此外塔里木河与[[罗布泊]]是西域地区的主要农业、生活水源。因而该区域的国家兴旺与水有着密不可分的联系，据部分考古学家的判断，楼兰即是由于河流改道与 [[ 罗布泊 ]] 的迁移而灭亡的主要原因。(李江凤，《 [[ 丝绸之路前夕和气候变化 ]] 》，1992年；中国高等教育出版社《[[中国历史地理学]]》P125)

根据考证，公元前17世纪西域地区已出现基本的国家形态，并大夏（今[[阿富汗]]）一带的商人进行青金石贸易。此外，于阗(tiān,阳声)国（今中国 [[ 新疆 ]][[ 和田县 ]] 附近）出产的和田玉也在商朝帝王武丁的坟茔中所发掘，说明当地在前13世纪就已经有人定居。

[[汉宣帝]][[神爵]]二年(前60年)在此设西域都护府， 名为乌垒城（前名轮台国）是当时汉朝管理西域三十六国的政治、经济、文化和军事中心，当时西域都护由皇帝亲自任命，3年1替（也有延长和缩短的）从未间断，据《[[汉书]]》记载：西汉历任都护18人，其中立传可考的历史上著名的有[[郑吉]]、[[郑宣]]、[[甘延寿]]、 [[ 段会宗 ]] 、 [[ 廉褒 ]] 、[[韩立]]、 [[ 郭舜 ]] 、 [[ 孙健 ]] 、 [[ 李崇 ]] 、[[但钦]]等10人。当时轮台国是个城郭之国。都护府直接对其统辖，轮台王曾多次受皇帝亲召幸朝。汉朝另设置戍已校尉、戍部候等行政、军事、机构，对当地的少数民族上层人物封以王、侯、将、相、大夫、都尉等官职，他们均受西域都护府的管辖。<ref>[http://bq.kongfz.com/description_35224/ 西域 简介]，孔夫子旧书网</ref>

西汉宣帝第二年（公元前68年）派侍郎郑吉屯田渠黎（今新疆尉黎一带），与匈奴争夺东师，使护卫鄯善以西“南道”诸国安全。至神爵二年（前60年），匈奴逐日归降汉朝， [[ 郑吉 ]] 派兵迎之，宣帝又命郑吉监护车师西北方（北道）各国的安全，因总领两道，遂号都护，此后“都护”就成为西汉派驻西域的最高长官的正式官名。西域都护官秩二千石，相当内地郡守，其下设副校尉、丞、司马等属吏。西域都护的设置，保证了[[丝绸之路]]的畅通，加强了民族间的团结和经济文化交流，标志西域正式归属中央政权。同时，因其在当地实行屯田政策，也在一定程度上促进了西域农业生产的发展。王莽时期撤除，东汉或设或撤，安帝永初元年（107年）撤除。<ref>[http://www.docin.com/p-15162224.html 西域都护]，豆丁网</ref>

[[ 西汉 ]] 时期，今 [[ 甘肃 ]][[ 玉门关 ]] 、阳关以西，即今新疆以及更远的地方，统称为西域。这是广义的西域。 狭义的西域，仅指今[[新疆]][[天山]]南北，即玉门关、阳关以西，巴尔喀什湖和葱岭以东，准噶尔沙漠以南，西藏高原以北的地区。西汉初，这里有三十六个小国，后又分为五十余国。西域诸国以天山为界，分为南北两部。绝大部分分布在天山以南的塔里木盆地周边。 [[ 塔里木盆地 ]] 南缘有且末、小宛、精绝、扞弥、于阗、皮山、莎车等国，被称为“南道诸国”；在盆地的北缘有危须、焉耆、尉犁、乌垒、龟兹、姑墨、温宿、尉头、疏勒等国，被称为“北道诸国”；在盆地西南、葱岭一带有蒲犁、无雷等国；在盆地的东端有楼兰，后称鄯善。这些国家语言不一，习俗各异，互不统属，人口少则几百，多则数万，一般为几千人到两三万人，龟兹人口最多，才8 万人。它们多以城郭为中心，居民多从事农 牧业，少数国家逐水草而居，单纯从事畜牧业，以畜产品等与邻国交换粮食 等农产品。有些国家生产力水平有相当发展，已经掌握了[[冶铁]]技术，楼兰人就懂得制造铁兵器。 天山以北，巴尔喀什湖以南的准噶尔盆地，是一个游牧区域。盆地西部的伊犁河流域，原来居住着[[塞种人]]。西汉文帝时，原来游牧于敦煌、祁连间的月氏人，被匈奴逼迫，西迁至此，挤走了塞种人。其后，原居住于河西一带的乌孙，为了摆脱匈奴的羁绊，也向西迁徙到此，把月氏人赶走，占领了 这块土地。大部分月氏人被迫再往西迁到妫水（今阿姆河）以北地区，称大月氏，少部分留下来，称小月氏。乌孙有63 万人（包括留居此地的塞种人和 月氏人），他们与匈奴同俗，过着逐水草而居的游牧生活。[[准噶尔盆地]]以南的天山缺口，由姑师控制。姑师后来分为车师前国、车师后国。车师前国一带土地肥沃，农业相当发达。

自此天山南北各地进入中央王朝有序的管理之下，汉朝政府直接任免西域都护、以及专理西域屯田事务的戊己校尉等高级官员，册封当地首领，颁发印绶，让其管理地方日常事务。1953年，新和县一处古城遗址出土的一枚“[[汉归义羌长]]”的铜印就是当时汉朝授给羌人首领的[[官印]]。西域都护府组织和统领西域各地对匈奴侵袭的抗击，还在天山南北实行屯田，以减轻当地各民族的经济负担，解决驻军和来往使者商旅的食宿问题，莎车、车师和焉耆等地都是当时汉朝在西域的屯田中心；又修筑城堡，建立烽燧(suì)，进一步拓展[[丝绸之路]] 路 ；西域都护府这些政治、经济、军事措施密切了西域同中原地区的关系，增强了边疆各族人民对中央政府的向心力。西域各地政治经济和社会生活的变化进一步加快。

明朝建立后，西域即今新疆仍然在东察合台汗国统治之下。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国（1514 －1678 年～1678 年），直到清朝初年才被由瓦剌演变而来的漠西蒙古所灭。所以，明朝时期，西域地区并没有直接归明朝中央政权管辖，但却在我国境内的少数民族蒙古族的一支统治之下。

清代，漠西蒙古成为新疆重要势力， [[ 准格尔 ]] 部在康雍乾三朝与清军进行了长期的军事冲突，最终在 [[ 乾隆 ]] 朝彻底平定，中央王朝重新在新疆建立统治。乾隆朝相继平定大小和卓叛乱，并迎回东归的漠西蒙古 [[ 土尔扈特 ]] 部，此后直至清末，一直对新疆进行着稳定的统治。但随着清朝实力的衰落与西方列强的兴起，最终丢失了巴尔喀什湖以东以南的50万平方公里领土，一度全疆陷落于中亚的浩罕王国。幸亏[[左宗棠]]率领湘军收复新疆，并于1884年设立新疆省。

公元840年，维吾尔—— [[ 回鹘 ]] 人从[[蒙古高原]]西迁中亚，并在吐鲁番等地建立高昌回鹘王国。回鹘人本来使用突厥鲁尼文，到吐鲁番后逐渐改用中亚粟特文拼写本民族语言，大约在公元9世纪创造了回鹘文。回鹘文对中国北方民族影响巨大，蒙古文就来自回鹘文，而满文又来自蒙古文。作为元帝国五族共和的象征，回鹘文与梵文、藏文、八思巴式蒙文、西夏文和汉文一道，刻写在元顺帝年间所建居庸关过街塔上。