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蛋白质组学国家重点实验室依托中国人民解放军军事医学科学院（由军事医学科学院放射与辐射医学研究所主建），实验室在开展人类重要生理功能与重大疾病蛋白质组学研究。

简要概况

非常重视具有自主知识产权的核心技术的研发，在此方面通过国内外合作，近期取得系列重要进展，4项成果最近相继发表于国际核心刊物《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics）、《自然－方法》（Nature Methods）和《自然－实验手册》（Nature Protocols）。

鉴定策略

创建了核心岩藻糖化蛋白质规模化精确鉴定策略，糖基化蛋白质的核心岩藻糖化修饰既参与多种重要生理过程（如转化生长因子-β1和表皮生长因子信号通路等）的调节，也与多种疾病特别是癌症（如肝癌、胰腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌等）密切相关。在疾病诊断上，越来越多的研究表明，监测某些糖基化蛋白质核心岩藻糖化形式的表达水平变化，较检测这些蛋白质的总体表达水平变化，具有更好的特异性和灵敏度。但现有的糖蛋白质组学研究方法无法实现核心岩藻糖化蛋白质的规模化鉴定，因而限制了该类糖蛋白作为疾病标志物的有效筛选。为解决此问题，该实验室钱小红研究员课题组与中国科学院计算技术研究所贺思敏研究员课题组等合作，通过发展和优化目标糖肽富集方法、中性丢失依赖的三级质谱采集方法、不依赖数据库的图谱筛选方法和图谱优化方法，建立了一种规模化、精确鉴定核心岩藻糖化蛋白质的崭新策略，并经过临床样本的检验。结果表明，该研究策略不但鉴定结果可信度高，而且鉴定蛋白质及其修饰位点的数目均超过以往文献报道方法的4－6倍，实现了在复杂血浆体系中的规模化鉴定。相关工作近期发表于国际蛋白质组学顶级刊物《分子与细胞蛋白质组学》。作为国际上第一个专门用于核心岩藻糖化蛋白质规模化精确鉴定的策略，人们预计它将在肿瘤标志物筛选中发挥重要作用。

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