1984年7月，藤野的故居被修復改造成藤野嚴九郎紀念館。後來還建立了蘆原國際交流中心。日本東北大學設立了「東北大學藤野先生獎」。《藤野先生》是中日兩國的中學語文課課文，這使藤野的名字在中日兩國廣為人知。1970年代以來，竹內好翻譯的《藤野先生》先後被日本築摩書房、三省堂選為「高中國語教科書」的現代文課文。2006年，北京魯迅博物館和藤野的家鄉福井縣蘆原市分別向東北大學贈送了魯迅和藤野的胸像。