1995年，蕭泰然返臺定居，於世界各地發表多首作品。繼而他的《C小調鋼琴協奏曲》、《D調大提琴協奏曲》(手稿未註明大調或小調)在[[加拿大]]和美國首演。1999年，他嘗試以現代音樂語法寫作的《[[福爾摩沙]]交響曲》(1987年碩士畢業作品)，在莫斯科音樂院大廳世界首演，反應非常熱烈。1995－2000年蕭泰然在臺期間，委託他創作的案子如雪片飛來，演出他作品的音樂會也難計其數，也導至他身體負荷不堪，2001年舊疾復發，雖很快復原，2002年再次血管瘤破裂，身體健康從此逐漸走下坡，難以恢復。

蕭泰然| author = | date = }}國家文化藝術基金會</ref>、第15屆[[金曲獎]]傳統暨藝術音樂作品類最佳作曲人獎。2008年，美國加州聖工研究院授予其榮譽博士學位，2009年獲行政院文化獎、國立臺灣師範大學第9屆傑出校友獎等獎項。2010年，他接受臺東大學頒贈名譽博士學位，並且因作品《家園的回憶》獲第21屆金曲獎傳統暨藝術音樂類「最佳作曲人獎」。2011年，獲得第22屆金曲獎傳統暨藝術音樂類「特別貢獻獎」。2015年，因肺癌病逝於[[洛杉磯]]家中。