=== 再次降清 ===

* 1639年（明崇祯十二年，清崇德四年）农历二月，皇太极再次进攻明朝，以武英郡王阿济格为前锋，亲自督军包围松山。明朝崇祯帝下召命令祖大寿前去支援松山，祖大寿刚刚行军，清军就到了，于是祖大寿去宁远驻守。皇太极派遣使者去锦州告诉祖大寿的妻子，叫她以利害诱导祖大寿投降。祖大寿命令祖克勇及副将杨震、徐昌永等取道边外进取锦州，到乌欣河口；清军将领阿尔萨兰与明军交战，清军胜，斩明军八十四人，得马一百五十匹。皇太极下令停止进攻松山，后金军返回盛京（今辽宁沈阳）。于是祖大寿又进入锦州驻守。

* 1640年（明崇祯十三年，清崇德五年）农历五月，皇太极到义州视察，蒙古苏班岱等请求归降，皇太极命济尔哈朗等率军一千五百人前去迎接。祖大寿得知清军人少，命令游击戴明与松山总兵吴三桂、杏山总兵刘周智合兵七千人出击，却被济尔哈朗打败。七月，锦州外城蒙古贝勒诺木齐等预谋投降，遂持书缒城下，约为内应。信泄，清军至，大寿出城拒战，杀清军武备院卿穆护萨、护军参领觉罗兰泰、参领宏科。鏖战久，明军退守入内城，清军遂占领外城。于是皇太极命[[多尔衮]]、济尔哈朗等带兵轮番攻锦州。1641年（明崇祯十四年，清崇德六年）农历三月，皇太极再次发兵围攻锦州。明蓟辽总督洪承畴率吴三桂等八总兵领兵十三万来援，驻扎在松山。皇太极亲率军队切断明军粮道，明军大乱。清军趁势掩杀，总督洪承畴等被围于松山。

=== 因病去世 ===

* 1644年（清顺治元年）农历九月，[[爱新觉罗·福临]]在辅政大臣[[济尔哈朗]]的护送下，从盛京（今辽宁沈阳）抵达北京，祖大寿跟随入关。

* 1656年（顺治十三年），祖大寿在病死于北京祖家街的府宅。 <ref name=MY3/>