''' 澎湖寨巡检司 ''' ，或称澎湖巡检司，设置于 [[ 澎湖群岛 ]] 。设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也就是根据一般史书及《 [[ 元史 ]] 》、《 [[ 新元史 ]] 》，考定：“蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。”[来源请求] 该地方区划隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖寨巡检。 [[ 明朝 ]] 击败元朝取得中原政权后，仍依循前例于澎湖设置该官署，直至1384年因为实施封海政策，予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检司。此官署直至1622年，荷兰占领澎湖为止。

该地原于 [[ 南宋 ]] 隶属于 [[ 晋江县[1][2]，曾遣兵戍守澎湖[3][4] 。到元朝时该地方区划隶属于 [[ 元朝 ]][[ 福建行省 ]] 泉州路，主官为澎湖寨巡检。而澎湖寨巡检是元朝于澎湖群岛设置的官职，也是澎湖群岛首度设立正式的地方统治官署（前澎湖列岛归属于晋江县）。

驻于澎湖马公的巡检官职，是元朝最基层的官员，隶属于福建泉州路。而1366年尚在任的 [[ 澎湖寨巡检 ]] 陈信惠是元朝首位驻澎官员。

1370年代， [[ 明朝 ]] 统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，也继续设置澎湖巡检司这个行政官署，直至1384年实施封海 [[ 政策 ]] 而废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰占领澎湖为止，才免予实授。

1604年（万历三十二年）时， [[ 荷兰东印度公司 ]] 司令官韦麻郎（Wijbrant Van Waerwijck）率两艘船抵达澎湖，并派员往福建请求 [[ 贸易 ]] 。福建当局立即严禁人民出海接济，并派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。明朝政府于岛上立有沈有容谕退红毛番碑，现存于澎湖天后宫。

此官署直至1622年，荷兰侵犯澎湖为止。1622年时，由于与葡萄牙人争夺 [[ 澳门 ]] 的 [[ 军事 ]] 攻击行动失败，荷兰舰队最后抵达了澎湖并且在马公风柜尾蛇头山顶设立了基地。明朝政府退出澎湖。荷兰军队强迫当地的居民建设碉堡，并使得奴役工作的1500个工人的其中1300人死亡[5][6]。明朝政府警告驻扎的荷兰舰队澎湖为其领土，之后荷兰人于澎湖之战 (1624年)被明军击退，转往台湾。

然而此战之后，明朝虽再次取得澎湖，却未复设 [[ 澎湖巡检司 ]] 之职。