[[鴉片戰爭]]和[[明治維新]]之後，日本決定要徹底吞併琉球。同治12年（1873），日本[[明治天王]]下詔書將琉球納入日本政府管轄中<ref name="大紀元"/>。1874年爆發[[「牡丹社事件]]」，由於琉球人的船隻發生船難漂流到台灣，上岸時被台灣原住民殺害。當時日本竟以此為藉口，出兵攻打台灣原住民。中國當時因為內政及外交問題，又有海防力量的不足，因此對於台灣問題無法全盤兼顧，遂承認日本出兵台灣是「保民義舉」，保護人民的正當行為，默認了琉球是日本的屬地。10月31日，中日簽訂《北京專約》，中國必須賠償受害之難民及對日本道路、建築賠償，換得日本從台灣撤軍，此舉無疑是中國正式放棄琉球的宗主權<ref name="教育">{{cite web |url=https://market.cloud.edu.tw/resources/web/1659512| title= 清政府與日本簽訂北京專約| language=zh | date=| publisher=教育大市集| author= | accessdate=2019-10-25}}</ref>。因為清朝當時已經是鴉片戰爭之後，雖然當時好不容意平息[[太平天國]]等叛亂，且清朝晚期中國被西方殖民列強打開國門，國家屢受戰爭的創傷，越發積貧積弱，再也無力庇護那些藩屬國的安全<ref name="kk5">{{cite web |url=https://kknews.cc/zh-tw/history/3byrkv8.html| title= 歷史上的琉球到底是屬於中國還是日本？| language=zh | date=2018-10-08| publisher=每日頭條| author= | accessdate=2019-10-25}}</ref>。1876年，日本在琉球設立司法機構，實際上吞併了琉球王國。1879年，日本在琉球群島設沖繩縣 ，琉球國王尚泰流放到東京 ，琉球王國正式滅亡<ref name="kk1"/>。