1958年开始本科教育；1985年成为硕士学位授权单位；1993年起，与中国医科大学、中科院上海药物所、大连医科大学联合培养博士生；2005年开始留学生教育。2009年成为博士学位授权立项建设单位 <ref>[https://yz.chsi.com.cn/kyzx/kydt/201309/20130905/505053231.html 徐州医学院成为博士学位授予单位]，中国研究生招生信息网，2013-9-5</ref> 。

1986年经国家教委批准，学校率先创建麻醉学本科专业。1997年，“有中国特色的多层次麻醉学专业教育的研究与实践”课题获国家级教学成果一等奖。麻醉学先后被命名为省级重点学科、省级重点实验室、省级临床重点专科、省医学重点学科，也是江苏省“135工程”重点学科。麻醉学专业是全国“高校特色专业”，麻醉学教学团队是“国家级优秀教学团队”。目前，全国高等教育学会麻醉学教育分会、江苏省麻醉研究所等均设在我校；学校被指定为全国“卫生专业技术职称考试麻醉学专业命题基地” <ref>[https://new.qq.com/omn/20191217/20191217A0E3BH00.html?pgv_ref=sogousm&ADTAG=sogousm 徐州医科大学：麻醉学人才的摇篮]，腾讯网，2019-12-17</ref> 。