季芝昌的父亲[[季麟]]是直隶巨鹿知县，为官慈惠，在嘉庆十八年捕邪教而将籍册焚烧，使数以千计的人未被株连，可他本人由于捕匪不得力被发配，死于伊犁。

季芝昌道光六年（1826）中举，凭举人身份，先后考取了国子监学正，学录及助教。考中探花后，授职翰林院编修。道光十三年，季芝昌大考一等，名列第三，超升为侍读，提督山东学政。道光十七年，季芝昌为日讲起居注官。道光十八年，他以侍读衔充任会试同考官。道光十九年，季芝昌又大考一等，复列第三，升为詹事府少詹事。具折入谢，道光帝召见谕日：“汝卷本是第一，联不知何移置第三，然第一不若第三巧合上次名数“因而大笑。（三次

在朝中考试钧得第三，也应季芝昌的字号仙九的“九”）尚书[[纪恩]]诗: “九重知己温言逮，三度同符盛事传”又升为詹事，任江西乡试主考。次年，季芝昌提督浙江学政，[[曾国藩]]等出其门下。升为内阁学士兼礼部侍郎衔。后丁母忧。期满，擢升内阁学士。<ref name="王鸿鹏2004">{{cite book|author=王鸿鹏|title=中国历代探花|url=https://books.google.com/books?id=NGcFAQAAIAAJ|year=2004|publisher=解放军出版社}}</ref>