大肚溪河口兩岸，又名烏溪，是台灣本島最重要的河川之ㄧ，區內的溼地分為兩種型態的生態系，有隨水位起落變化的草澤生態系，另一個則是適應海岸地區強風、高鹽度的惡劣環境的海岸生態系，為台灣沿海地區重要的溼地之一。
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大肚溪口野生動物保護區
出海口坡度平緩，擁有寬達4公里的潮間帶和高生產力的河口溼地，為台灣地區沿海重要溼地之一。動物資源豐富，為每年秋冬季候鳥遷徙必經之地，調查資料顯示，其鳥類的種類、族群數量及密度均高，已成為全省最大的水鳥棲地之一，並廣受世界研究鳥類遷移及保護學者之重視。 [2]
棲地環境
大肚溪河口坡度平緩，面積達3千公頃，擁有寬達4公里左右的潮間帶和高生產力的河口生態環境，由外而內包括了海域、潮間帶、河流、沙洲、新生地、耕作地、魚塭等。蘊含豐富的潮汐生物，加上地域遼闊平坦，而魚塭的堤岸亦提供了水鳥躲避強風的場所，因此本地成為每年候鳥遷徙必經的地區。 [3]
自然生態
區內的溼地，一是河口區草澤生態系，另一是海岸生態系。本區的植物隨環境不同可分為： 砂丘林植物：位於沙灘、魚塭堤防上、河床旱地、防風林等，包含了匍匐性草本、灌叢及喬木。 河口草澤植物：包含蘆葦、白茅、昭和草、濱水菜、印度田菁。 旱地農作物：河床上的農作物目前種有西瓜、花生、蘆筍與甘藷等。 河岸泥灘地，生物種類有: 南岸有特殊物種是台灣招潮蟹，北岸尚未發現。