2001年末，囊谦县辖1个镇、9个乡，共有69个村（牧）委会。香达镇驻香达，辖坎达、青土、大桥、江卡、冷日、多昌、前多、巴米、拉宗、前麦、东才西、香达12个村（牧）委会。娘拉乡驻娘贡，辖多伦多、娘多、娘麦、上拉、下拉5个村（牧）委会。毛庄乡驻扎西塘，辖孜多、孜麦、麻永、色吾、孜荣5个村（牧）委会。觉拉乡驻那索尼，辖那索尼、布拉、交江尼、卡荣尼、四红、肖尚、尕少7个村（牧）委会。着晓乡驻巴尕，辖班多、查哈、优永、尖作、交西、巴尕6个村（牧）委会。东坝乡驻芦沟卡，辖吉赛、过永、尤达、尕麦、热拉5个村（牧）委会。吉尼赛乡驻萨仓塘，辖麦曲、瓦作、吉来、拉翁4个村（牧）委会。癿扎乡驻卡麻，辖东帕、吉沙、东日、叶巴、潘红、生达、查秀、卡那、癿扎、巴买10个村（牧）委会。吉曲乡驻外户卡，辖巴沙、加麻、外户卡、多改、瓦卡、桑涌、热买、热多、改多、瓦堡、瓦江11个村（牧）委会。尕涌乡驻茶塘，辖麦多、麦买、色青、茶塘4个村（牧）委会。