科學家鑑定出源頭為一株冠狀病毒，並在廣東牲禽市場上所銷售的果子狸中發現了基因類似的病毒。之後的調查顯示，大量SARS相關冠狀病毒在中國的菊頭蝠中傳播，這表明致命毒株可能源自這些蝙蝠，再通過果子狸傳播到人類身上。但是相關設想存疑，因為在關鍵基因上（允許病毒接近並感染細胞的蛋白質），人類版病毒和蝙蝠版病毒存在差異。另一個問題是，來自雲南蝙蝠身上的病毒是如何傳播到約1000公里之外的廣東的動物和人身上的，而且在雲南沒有造成任何疑似病例。研究人員正在搜尋其它也許能夠產生感染人類毒株的蝙蝠。現時研究人員已經分離了約300個蝙蝠冠狀病毒序列，不過大部分尚未公布。研究人員將利用它們，繼續監測該病毒的演化[7] 。

病毒學家們警告致命性的疫情可能再次爆發：發現SARS病毒基因組組分的洞穴距離最近的村莊只有1公里，而且病毒毒株之間基因重組頻繁。學者表示：「在人群中仍存在類似於SARS的疾病的爆發風險。」[8][9]