印度尼西亞共和國總理（印尼語：Perdana Menteri Republik Indonesia）是印度尼西亞共和國（印尼）從1945年至1966年實行議會內閣制期間曾經存在過的一個官職。存在期間，總理是印尼的行政首長、內閣的負責人，而當時的內閣與最高立法機構（相當於議會，開始時是印度尼西亞中央國民委員會，後為人民協商會議）和總統並為印尼政府的三大組成部分。1959年7月5日總統令頒布後，時任總理朱安達率領內閣總辭職，蘇加諾總統遂自行兼任總理，組成新內閣並開始行使總理職權，直到他因九三零事件而於1966年下台後，繼任的蘇哈托總統才正式廢除總理職位。