台灣清治末期,南子吝地區為一街庄,稱為「南仔吝庄」,隸屬於基隆堡。該庄北邊臨海,東與草山庄為鄰,南邊為燦光藔庄,西南邊一小段與武丹坑庄為界,西邊為九份庄、水南洞庄為鄰。
1901年(日治明治三十四年)11月,該庄隸屬於基隆廳,編入第三區。1905年(明治三十八年)7月,第三區改名「瑞芳區」。1920年(大正九年),該庄改制並雅化為「南子吝」大字,隸屬於臺北州基隆郡瑞芳街,大字下有「南子吝」、「哩咾」小字名。
戰後瑞芳街改制為瑞芳鎮,隸屬於臺北縣,大字亦改制為里。2010年12月,臺北縣升格為新北市,瑞芳鎮改制為瑞芳區。