西班牙的原始住區始建於1530年代，位於現址以東的 [[ 巴巴霍約河 ]] 口，由西班牙征服者 [[ 弗朗西斯科·皮薩羅（Francisco Pizarro） ]] 的中尉 [[ 塞巴斯蒂安·德·貝拉卡薩（SebastiándeBelalcázar） ]] ，但 [[ 印第安人 兩次 ]] 將其摧毀 兩次 。1537年，西班牙探險家弗朗西斯科·德·奧雷利亞納設鎮在目前的位置， 將其命 名 為 稱為Muy Noble y Muy Leal de Guayaquil 聖地亞哥 城（ 瓜亞基爾聖地亞哥的 榮譽（聖雅各福群，在其宗教節日它成立），正如傳說有它，當地的印第安酋長Guaya 最高貴族 和 他 最忠誠 的 妻子基拉 城市） 。在殖民時代，這座城市經常遭到海盜襲擊 。 1709年，[[英國]]隊長伍茲·羅傑斯（Woodes Rogers），艾蒂安·考特尼（Etienne Courtney）和威廉·丹皮爾（William Dampier）以及110名工作人員洗劫了瓜亞基爾，要求贖金。然而，[[黃熱病]]爆發後，他們突然離開，沒有領取贖金。 在殖民時期，瓜亞基爾是太平洋上的西班牙主要造船廠，但一些航海家表示瓦爾迪維亞的條件更好 。1822年，這是西蒙·玻利瓦爾（SimónBolívar）和何塞·德·聖馬丁（Joséde SanMartín）之間的會議現場，此後，玻利瓦爾成為南美解放運動的唯一領導人 。 1829年，[[秘魯]]軍隊入侵了這座城市，佔領了七個月。 1896年，大火毀壞了這座城市的大部分地區。 1922年，該市的工人進行了為期三天的大罷工。至少有300人被軍方和警察殺害後，罷工結束 。

作為 厄瓜多爾國際貿易和國內貿易的重點 城市 ，它在經濟上是該國最重要的城市。有製糖廠，鑄鐵廠，機械車間，制革廠和鋸木廠，以及各種輕型消費品的製造和加工廠。蝦類養殖的經濟重要性日益提高。1979年，現代波多黎各馬里蒂莫港（PuertoMarítimo）擁有完整的碼頭和海關設施，在市區邊界下游6英里（10公里）處對外開放。它是瓜亞基爾（Guayaquil）海外運輸的終點站，處理了該國90％的進口和50％的出口。瓜亞斯河流域北部的香蕉，咖啡和可可豆是主要出口產品。