通过吉兆之门后便是第三庭院，又称为内宫，是托普卡帕宫的心脏地带。这里是一个翠绿的庭园，散布著私人宫殿、宝库（收藏着奥斯曼时代的贵重物品，包括宗教遗产）、后宫、亭楼等建筑物， [[ 艾哈迈德三世 ]] 的图书馆则位于第三庭院的正中央。第三庭院的进出受到严格限制，禁止外人擅进。

第三庭院里到处都是男侍的寝宫，他们专责服侍苏丹。男侍都要学习 [[ 艺术 ]] ，如音乐、 [[ 绘画 ]] 及书法，表现出众者可成为“哈斯·奥达利·阿加”（先知圣迹的持有者、苏丹的私仆），甚至是官员。

第三庭院由穆罕默德二世设计，其面积与第二庭院相当。第三庭院的设计严谨，不得作大规模的修改。 [[ 穆罕默德二世 ]] 不再在后宫就寝后，继后的苏丹更为隐蔽，迁至更深入的第四庭院及后宫。1584年所绘的缩画显示，苏丹在第三庭院看似是亭台的地方接见朝臣。

觐见大殿历史悠久，建于十五世纪，在 [[ 苏莱曼 ]] 统治时加以装潢。苏丹会在这里坐上有篷的王位上接见维奇尔、官员及外使，听取意见。据当代的使节 [[ 柯尔尼留·杜普里斯乌斯·德善普 ]] 在1533年记录：

[[ 觐见大殿 ]] 的天花漆上青蓝色，以金色的星辰点缀，墙身的砖块都是蓝、白或青色的，并且配有珍贵的地毯及枕头，这可令到访者留下深刻的印象，同时不忘对苏丹的权力感到敬畏。1723年， [[ 艾哈迈德三世 ]] 修建觐见大殿，1856年遭到大火破坏，及后重建至今日的面貌。今日所看见的觐见大殿内部和昔日有很大的差别。

现时在觐见大殿内的王座由锦缎造成，是穆罕默德三世下令制制造的。王座上的瓷漆天花镶上一些叶形珠宝，并有搏斗巨龙的描述，象征权力。王座的表现由多块锦缎合成，并镶有红宝石、绿宝石及 [[ 珍珠 ]] 。

觐见大殿的两道前门与走廊相连，另有一个后门。前门是让官员和使者出入的，后门是苏丹专门的。前门的浮雕刻文具有苏丹字押，内容大体是赞美 [[ 阿卜杜勒·迈吉德一世 ]] ，注有1856年。门顶上刻划了 太斯米（ [[ 伊斯兰教 ]] 义，意思是“奉至仁至慈真主之名”），也注有刻划的年份－1723年，即艾哈迈德三世统治时期。门两面的镶板在后期的修缮工程里加上。

[[ 苏莱曼一世 ]] 在近门处加建了一个小水泉，不但用于清洗，其水声能阻止其他人听到秘密会议的谈话。 [[ 波斯 ]] 的诗词提到苏丹是“宽大、正义及仁善的泉源”，故水泉又可象征苏丹。

[[ 穆拉德四世 ]] 在1635年兴建远征军寐宫，艾哈迈德三世在十八世纪早期进行修复。远征军寐宫的屋顶呈拱形，由14支柱子支撑。征服者之亭座落在远征军寐宫的东北方。

 皇室男侍寝宫，即现今的帝国肖像展览馆，这是苏丹宫殿的一部分。那些上色的肖像画描绘了 [[ 奥斯曼帝国苏丹 ]] 的模样，还有一些苏丹的珍贵照片。整个房间都保持着恒温，保护着这些肖像画。苏丹很少会在公众场合现身，因此一些早期苏丹的肖像只是理想化的肖像，并不反映真实。自从思想现代化的 [[ 马哈茂德二世 ]] 上任及推行现代化改革后，才开始出现苏丹的真实肖像画。奥斯曼帝国苏丹的家谱是这个展览馆的一个特色。

私人宫殿，即圣迹之殿，包括神圣斗篷之亭，是[[锡南]]建于[[穆拉德三世]]统治时期。私人宫殿是苏丹处理政务的地方。 私人宫殿在现今收藏了先知 [[ 穆罕默德 ]] 的斗篷及他的剑、一颗牙齿、一根胡须、马刀、一封亲笔信及其他文物，是为 宗教遗迹。其他的宗教相关物件也在这里展示，如首四任 哈里发的剑、 摩西之杖、 约瑟的头巾及穆罕默德女儿的地毯。当时的苏丹也只能够每年进入这里一次，在 赖买丹月的第十五日。现在，任何游客也能观赏这些物品，许多 [[ 穆斯林 ]] 会来这里 朝圣。