肥东县水流分两大水系。江淮分水岭以南有南淝河、店埠河、滁河和巢湖，水流入长江，属长江水系。分水岭以北有池河，水流入淮河，为淮河水系。

===南淝河===

古称施水，又名金斗河，发源于肥西县将军岭东侧，经合肥市区入肥东县龙塘乡，沿撮镇、长乐、长临河等乡镇西部边界南流到施口入巢湖，县内流长18千米。