天启四年(1624年)，吴嘉允中举人。崇祯六、七年(1633～1634年)，漴缺一带海塘连溃，损失巨大。松江知府方岳贡请他督工筑石塘。他全力以赴，仅200日而工竣。大司农张有誉推荐为户部侍郎，一切章奏悉委之。明末，奉命出都，闻镇江失守，即还京哭(明)孝陵、谒方孝孺祠后，自缢身死，门人私谥“忠介”。清乾隆四十一年(1776年)，赐谥“节愍”。著有《石塘问答》。