变形虫能侵入人和动物体内，引起疾病。最常见的是痢疾内变形虫，这是人阿米巴痢疾的病原体 <ref>[http://www.360doc.com/content/15/0913/19/11650020_498907433.shtml 什么是痢疾内变形虫]，个人图书馆，2015-09-13 神医图书...</ref> 。中国已发现由自由生活的变形虫引起人死亡的病例。

由于生活环境不同可分为内阿米巴和自由生活阿米巴，前者寄生于人和动物，主要有4个属，即内阿米巴属(Entamoeba)、内蜒属(Endolimax)、嗜碘阿米巴属(Iodamoeba)和脆双核阿米巴属(Dientamoeba) <ref> [https://www.docin.com/p-966616377.html 动物医学进展]，豆丁网</ref> ；后者生活在水和泥土中，偶尔侵入动物机体，主要有5个属，即耐格里属(Naegleria)、棘阿米巴属(Acanthamoeba)、哈曼属(Hartmannella)、Vablkampfia属和Sappinia属。