在古时候，人们就已认识到动物和植物应分为两类。在[[林奈]]建立[[生物分类法|分类阶元]]时，虽然存在一定疑惑但还是把[[真菌]]划为''' 两界说''' 中的植物界。而后来的学者把真菌独立成一界，即把真核生物分为四[[界 (生物)|界]]：[[原生生物界]]、[[植物界]]、[[动物界]]、[[真菌界]]，但学界直至1980年代仍然对真菌界的构成未完全清楚 。显微镜发明后，所发现的许多[[原生生物]]根据是[[自养]]还是[[异养]]，划分为[[原生生物|原生植物]]与[[原生动物]]，分别归入植物界与动物界。而[[恩斯特·海克尔|海克尔]]在1866年增加了[[原生生物界]]，即把真核生物分为四界。