2006年，潘悟云担任了上海高校比较语言学E-研究院的首席研究员，负责立项招标、聘请学者，调查研究东亚地区的语言，进行综合分析，最后理清东亚语言的原始面目，进而考察整个东方文明的起源。对于这个课题，上海市一年拨款100多万元，高校配套50万元，连续进行10年。潘悟云说，这将是潘悟云学术生涯的收山之作。这个课题有30多位教授参与。