秀姑巒溪本身發源於[[花蓮縣|花蓮]]與[[臺東縣|台東]]兩縣之間的[[崙天山]]南側，但整個[[水系]]最遠源流則為其最長支流之[[樂樂溪]] (拉庫拉庫溪) 的支流[[馬霍拉斯溪]]，發源於中央山脈的[[馬博拉斯山]]東側。樂樂溪上游有馬霍拉斯溪、米亞桑溪、塔達芬溪、闊闊斯溪等支流，一般認為樂樂溪本身起點為米亞桑溪、塔達芬溪合流處，其中較長的源流米亞桑溪發源於中央山脈秀姑巒山東側，但那裡並非整個水系的最遠源頭。另外依據經濟部水利署《網際水利地理資訊系統》電子地圖，米亞桑溪與塔達芬溪合流後仍舊稱為米亞桑溪，往東流至與闊闊斯溪會合處，始稱為樂樂溪，其中較長的源流闊闊斯溪發源於中央山脈三叉山、雲峰東峰、南雙頭山一帶，但那裡也不是整個水系的最遠源頭。秀姑巒溪上游原為向東流，因受阻於[[海岸山脈]]，轉而沿花東縱谷向北流，匯集各支流後在[[瑞穗鄉]]往東，經過海岸山脈後，進入[[太平洋]]，是台灣唯一一條切過海岸山脈的溪流。

潄玉奇石是[[石灰岩]]，由堆積在海上的生物碎屑、化石、珊瑚礁所組成，過去這個區域也是海水溫度較為溫暖的火山島弧地區，受到板塊擠壓和地殼變動，這些火山島和珊瑚礁被抬升出水面，形成形狀各異的巨石景觀。