亞馬遜河在遠古時代是自東往西流向太平洋，與今天的流向相反。直到[[安第斯山脈]]在南美洲西部隆起，被迫轉向東方流出，例如在河中可以找到二十多種和太平洋上品種近似的[[魟魚]]。河流首先在亞馬遜盆地形成大湖，後來湖泊乾涸，才形成目前的雨林景象。

據《中國日報》報道，南美洲的亞馬遜河大概是世界上最具爭議的河流，難以確認的源頭位置令它的長度具有極大的“伸縮性”。[[巴西]]科學家稱，他們發現了亞馬遜河的新源頭，這足以証明它的長度超過尼羅河，成為“世界第一長河”。

新源頭在秘魯南方-據英國廣播公司6月17日報道，由巴西、秘魯兩國組成的科考隊日前宣布，他們經過14天跋涉，終於在秘魯南部海拔5000米的地方找到了亞馬遜河的一個新源頭，這推翻了多年來公認的其源頭在[[秘魯]]北部的看法。這個源頭足以讓亞馬遜河的全長達到6800公裡左右，超過尼羅河的6695公裡。

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