波拿巴·拿破仑成为首席执政官以后，面对军队连年征战、优秀军官奇缺的局面，十分怀念自己早年的军校生涯，决心成立一所军官学校。拿破仑在1803年1月28日签署法令，在枫丹白露成立帝国军事专科学校。

1805年1月30日，拿破仑将一面绣有“为打胜仗而受训”校训的锦旗授予学校。

1808年3月24日，军校迁至巴黎西南郊凡尔赛宫附近的圣西尔。从此，圣西尔与军校便结下了不解之缘。

1942年，在攻占了法国的纳粹军队的淫威下，这所久负盛名的军校被迫解散。与此同时，一所由戴高乐创办的军官训练学校在伦敦成立，为自由法兰西培养着军队指挥员。战后，这所在战争中成立或保留下来的军校又合并为诸兵种军事专科学校并迁回本上。由于圣西尔军校的建筑已在盟军为[[解放巴黎]]而实施的轰炸中被夷为平地，新校址只好设在距巴黎以西约300公里的雷恩市郊外。