然此时的国民政府受到苏联以及共产党所影响，引发国民党右派对于左派亲共的不满。1927年，北伐军攻克了上海与南京，蒋介石于3月抵达上海后，决定实行“清党”，并于4月18日成立南京国民政府。[1]在成立大会上﹐发布了中国国民党中央政治会议关于奠都南京的宣言以及《国民政府宣言》，提出国民革命方略四条：密切革命军与人民的配合﹔造成廉洁政府；提倡保护国内实业；保障农工团体利益并扶助其发展。南京国民政府采取委员制﹐由蒋介石﹑胡汉民﹑张静江﹑吴稚晖等十二人为政府委员，胡汉民为政府主席，蒋介石为国民革命军总司令﹐吴稚晖为总司令部政治部主任 <ref>[http://www.szhgh.com/Article/opinion/zatan/201412/71823.html 贺济中：国民党的“成功”与“失败”]，红歌会网 ，贺济中，2014-12-25 </ref> 。政府各部门设有：秘书长(钮永建 )，财政部长(古应芬﹐钱新之代)，外交部长(伍朝枢)，民政部长(薛笃弼)，司法部长(王宠惠)，大学院院长(蔡元培)。政府辖区包括江苏﹑浙江﹑安徽(一部)﹑福建﹑上海﹑南京﹑广东﹑广西等。也开始形成宁汉分裂之局面；直到8月武汉的国民党与国民政府执行分共清党，以及蒋介石在汪精卫的要求下辞去总司令之后，才宣布合作。