李宗仁当选副总统不到一年，就代理总统。刘土毅被委任为总统府上将参谋长，为李宗仁的首席幕僚。1949年4月23日，解放军横渡长江。就在这天凌晨，他随同李宗仁乘飞机离开南京，先到桂林，再转广州。7月，他飞往台北，曾任国民党中央评议委员。1982年10月，他病故于异乡。

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