黃愛恩的母親在懷孕時患上[[德國麻疹]]，令她僅得兩隻拇指和右手尾指能完整成長，她由初生至13歲期間，需不斷接受外科矯形手術來矯造其餘7隻手指。自小已對鋼琴產生興趣，小時候的願望是康復後能習琴。不少鋼琴老師在知道她的情況後都拒絕收她作學生；後雖有老師願意教她，但礙於先天只有三隻手指，不能掌握太闊的音程，需要逕自修改琴譜，才能通過考試；至中學畢業時，她已通過六級的鋼琴考試。<ref>{{cite Cite news|url=https://orientaldaily.on.cc/cnt/news/20180927/00176_077.html |title=三指鋼琴家黃愛恩音樂夢源自兒歌|website=東方日報|accessdate=2018年09月27日}}</ref>

中學畢業後，黃愛恩獲香港中文大學音樂系錄取。1998年大學畢業後，她考獲獎學金出國深造，在[[美國]]加州大學[[洛杉磯]]分校修讀民族音樂學，專研美國黑人音樂（African-American Music），2006年得到碩士及博士學位。 <ref>{{Cite web|url=http://std.stheadline.com/daily/article/detail/661971/日報|title=三指鋼琴家奇妙恩典|date=2009-09-09|website=星島日報|accessdate=2019-11-03}}</ref> 在美國期間，她曾在洛杉磯一音樂機構擔任琴手，並隨團前往世界各地巡迴演出。