洪武十七年（1384年），住持慧明重建了觉皇殿，改寺名为"灵隐禅寺"。因一时资金不足，佛殿内的佛像直到永乐元年（1403年）才增塑完毕，由僧善才募施装修大佛诸天及诸供具。觉皇殿多灾多难，至宣德五年(1430年)再次毁于火灾。

宣德七年（1432年），由住持昙缵建左右翼门和面壁轩，继由住持良阶重建觉皇殿。

宣统二年（1910年），昔征重建大雄宝殿，高十三丈五尺。建殿木料是清廷从美洲购买而得，原系修缮颐和园的，因时局不稳，无法整修，故而南运杭州，修建灵隐。

=== 民国 ===

== 建筑格局 ==

灵隐寺是在清末重建基础上陆续修复再建的，寺庙占地面积约87000平方米，灵隐景区总体占地面积约2577000平方米。灵隐寺布局与江南寺院格局大致相仿，全寺建筑中轴线上依次为天王殿、大雄宝殿、药师殿三大殿。

== 主要建筑 ==

=== 飞来峰 ===

作为禅宗五山之首，飞来峰石刻造像是中国南方石窟艺术的重要作品，这些雕琢于石灰岩上的佛像时代跨度从五代十国至明，在470多尊造像中，保存完整和比较完整的有335尊，妙相庄严，弥足珍贵。其中年代最早的是青林洞入口靠右的岩石上的弥陀、观音、大势至等三尊佛像，为951年（北汉乾祐四年）所造。而卢舍那佛会浮雕造像则是北宋造像艺术精品。最为人所知的，莫过于大肚弥勒和18罗汉群像，此为飞来峰摩崖石刻中最大的造像，也是国内最早的大肚弥勒造像。佛像雕刻生动传神，坐于佛龛中的大肚弥勒坦跣足屈膝，手持数珠，袒胸鼓腹而开怀大笑，将“容天下难容事，笑天下可笑之人”的形象刻画得淋漓尽致。周围并环十八罗汉，也是神情各异，细致生动。元代的100余尊汉、藏风格的石刻亦容相清秀，体态窈窕，为佛教艺术之瑰宝。

=== 大雄宝殿 ===

大雄宝殿，原称觉皇殿，单层三叠重檐，长约24米，重檐高33.6米，为第二重大殿。大殿正中是一座高24.8米的释迦牟尼莲花坐像，造像“妙相庄严”、“气韵生动”，颔首俯视，令人景仰，这是中国最高大的香樟木坐式佛像之一，是一件不可多得的宗教艺术精品。正殿两边是二十诸天立像，殿后两边为十二圆觉坐像。大殿后壁有“慈航普渡”、“五十三参”海岛立体群塑，共有佛像150尊，正中为鳌鱼观音立像，手执净水瓶，普渡众生，下塑善财童子及其参拜观音故事，善财童子参拜名师53位，第27参拜观音得道成佛。观音两侧为弟子善财与龙女，上有地藏菩萨，再上面是释迦牟尼雪山修道的场景：白猿献果、麋鹿献乳，整座佛山造型生动。

=== 药师殿 ===

药师殿是灵隐寺的第三重大殿，长约20米，宽约12米，供奉的是“东方三圣”：药师佛及日光天子、月光天子。殿中莲台座上结跏趺坐的是药师佛，是东方净琉璃世界的教主，称“大医王佛”，他能使众生离苦得乐，解除病痛和灾害，又称“消灾延寿药师佛”。左边站立日光菩萨，手托太阳，象征着光明；右边站立月光菩萨，手托月亮，象征着清凉。大殿两边的十二尊塑像是药师佛的十二位弟子，号称“药童”，又称“药叉神将”，顶盔贯甲，神态威武，手下各有七千神兵供调遣，他们按十二个时辰排序。殿左有重建的罗汉堂，陈列五百罗汉线刻石像。

=== 灵隐铜殿 ===

“灵隐铜殿”为单层重檐歇山顶的传统古建筑结构，飞檐雕瓦，翼角飞举，翼展达7.77米，底面5米见方。歇山顶上龙吻对峙，火球腾金，窗花、斗拱、雀替、龙柱、额、枋都精雕细刻，诸形工美，铜殿正方四面雕有四大佛山的自然风貌，或天苍地茫，玉宇澄清；或古刹巍峨，大江环流，展示巧夺天工的锻雕技艺。殿基有铜砖铺地，须弥座铸有佛山经典图画。铜殿运用现代表面处理技艺，金灿尊贵，光芒闪烁。

== 文物保护 ==

2013年5月3日，灵隐寺石塔和经幢西湖被国务院核定为第七批全国重点文物保护单位 。