《小鹅瘟病原体及特异性的研究及其防治》获江苏省科技大会奖和国家科委科技进步二等奖，《仔猪黄痢防治的研究》获江苏省科技大会奖，《鸡胚化鸡新城疫Ⅳ系苗研究》获江苏省科技进步二等奖，《盱眙水牛病的病原研究》和《猪气喘病的研究》获江苏省科技进步三等奖，《兽医病毒学》获1988年华东优秀科技书二等奖。1980年，方定一获江苏省先进工作者称号。获农业部科技改进一等奖(1979)和江苏省重大科技成果三等奖。1979年获得江苏省政府的奖励。获得江苏省科技改进二等奖(1980)。