邓卓棣2013年来到广西百色平果县，担任该县副县长，负责发展改革、物价、政府法制、农业农村、扶贫和重大项目等方面工作。媒体报道称，邓卓棣给人们留下的印象是知识渊博、能力突出，但为人低调、谦虚谨慎、勤奋好学。

　　2013年年底，广西党委书记彭清华专程到平果县调研。当地传言是邓卓棣向彭清华请求“下沉基层”。次年2月份，邓卓棣获补选为平果县党代表。5月15日，百色市委机关报《右江日报》一则题为《平果新安镇领导‘换位沉底’听民声》报道中，邓卓棣以镇党委书记的身份出现。官网显示，邓卓棣当时依然兼任“平果县副县长”一职。