夸美紐斯在整個Mähren地區一直更換不同的地點躲藏，當時他的妻子和女兒留在Fulnek，而他的第二個女兒也在Fulnek出生了。在Fulnek被大火摧毀後，夸美紐斯的妻子和兩個女兒於[[1622年]]共同死於傳染病。夸美紐斯先是在[[Karl von Zierotin]][[波西米亞]]的莊園找到了若干年的庇護。這個時期他於[[1624年]]和第二任妻子Dorothea Cyrillova結婚，她是兄弟會四位長老之一的女兒。婚後夸美紐斯有了三個女兒和一個兒子。