花東縱谷中共有三條河流，[[花蓮溪]]、[[秀姑巒溪]]與[[卑南大溪]]，三條河流在縱谷中的分水嶺位在 [[ 光復鄉 ]] 大富村與 [[ 池上鄉 ]] 。大富村以北為花蓮溪，大富村與池上之間為 [[ 秀姑巒溪 ]] ， [[ 秀姑巒溪 ]] 也是唯一截切海岸山脈的河流，池上以南為卑南大溪。縱谷中另一常見的地形－河階， [[ 瑞穗 鄉]] 以南區域的秀姑巒溪與卑南大溪兩側有層層的河階，但花蓮溪沿河則非常少見。造成縱谷南北區域河階地形的差異，原因是南段區域（ [[ 光復鄉 ]] 大富村以南）縱谷屬於擠壓的構造環境，以北區域則不明顯。因此，縱谷南段區域無論在 [[ 海岸山脈 ]] 或 [[ 中央山脈 ]] 都有多重的河階地形。