北魏與[[後燕]]皆是386年建立，後燕強而北魏弱，拓跋-{珪}-與後燕結好，而北魏開國之初的內亂，後燕亦曾出兵支援拓跋珪，每年兩回亦派使者往來。登国六年（391年），賀蘭部內亂，賀染干和賀訥互相攻擊，拓跋珪亦自請為響導，請後燕出兵討伐<ref>《資治通鑒·卷一零七》太元十六年：「賀染干謀殺其兄訥，訥知之，舉兵相攻。魏王珪告於燕，請為鄉導以討之。」但《魏書·外戚上·賀訥傳》：「染干謀殺訥而代立,訥遂與染干相攻。垂遣子麟討之，敗染干於牛都，破訥於赤城。太祖遣師救訥，麟乃引退。」</ref>。但同年，后燕將來使[[拓跋觚]]扣留，以向北魏求名马。拓跋珪拒絕，拓跋觚亦一直遭扣留，此后两国关系惡化。北魏轉而聯結西燕对付後燕<ref>《資治通鑒·卷一零七》：「魏王珪弗與，遂與燕絕；使長史張袞求好於西燕。」</ref><ref>《魏書·太祖紀》：「慕容垂止元觚而求名馬，帝絕之。乃遣使於慕容永，永使其大鴻臚慕容鈞率表勸進尊貴。」</ref>。但後燕帝慕容垂於登国九年（394年）六月出兵進攻西燕，圍攻[[長子縣|長子]]，西燕帝[[慕容永]]曾向北魏求援，拓跋珪遂派陳留公[[拓跋虔]]及[[庾岳]]救援西燕，可是援軍尚未趕到，長子就失陷。慕容永及其公卿大將三十多人都被誅殺，西燕滅亡。華北一帶就剩下北魏與後燕两国互相對峙。

登国十年（395年）北魏侵逼後燕附塞諸部，慕容垂就於同年五月派其太子[[慕容寶]]伐魏。拓跋珪知大軍前來，率眾到河西避戰。燕軍於七月到[[五原]]後收降魏別部三萬多家人，又收穄田穀物及造船打算渡河進攻。拓跋珪亦進軍河邊，與燕軍對峙。北魏一方面派[[許謙]]向[[後秦]]請求援兵，一面卻派兵堵截燕軍與後燕都城中山的道路，並抓住取道去前線的燕國使者。因著慕容垂在出兵時已經患病，而堵截道路令慕容寶久久都不知道國內消息，拓跋珪於是逼令抓到的使者向燕軍謊稱慕容垂的死訊，成功動搖燕軍將士的軍心。燕魏兩軍自九月起隔河對峙至十月，燕軍終因內亂而被逼燒船撤退<ref>《資治通鑒·卷一零八》：「燕魏相持積旬，趙王麟將慕輿嵩等以垂為實死，謀作亂，奉麟為主；事泄，嵩等皆死，寶、麟等內自疑。冬，十月，辛未，燒船夜遁。」</ref>。其時黃河河水未結，魏軍未能及時渡河追擊。但次月大風令河面結冰後，拓跋珪即下令渡河並派二萬多精騎追擊燕軍。魏军在参合陂打败燕军，俘獲大量燕軍將士及官員，拓跋珪除了選用有才的如[[賈閏]]、[[賈彜]]等人留下外，將其他官員都送回後燕，但同時將燕兵都坑殺。史称[[參合陂之戰]]。

皇始二年（397年）正月，拓跋珪加入進攻信都城，終於逼得守將[[慕容鳳]]棄城出走，但其時[[慕容德]]卻成功離間進攻[[鄴城]]的[[拓跋儀]]及[[賀賴盧]]，令他們退兵，並乘機從後追擊，大破魏軍。

上一年，為拓跋珪憎惡的魏將[[沒根]]自疑而叛魏投燕，其侄兒醜提恐怕會被株連，於是決定自并州率部回北魏後方作亂。拓跋珪見內亂起，於是自後燕求和，但慕容寶卻意圖乘此機反擊，拒絕之餘更派步兵十二萬及騎兵三萬七千出屯柏肆，在滹沱水以北阻擊魏軍。魏軍在滹沱水南岸設營，燕軍於是乘夜渡水進攻，以萬餘兵突襲魏營，並乘風勢放火。魏軍此時大亂，拓跋珪慌忙起來棄營逃跑，僅而避過攻到其帳下的燕將乞特真。可是，燕軍此時卻無故自亂，互相攻擊，拓跋珪在營外見到，就擊鼓收拾餘眾，集結好後進攻營內燕軍，並乘勢進攻營北作支援的慕容寶軍，逼使慕容寶退回北岸。此戰後，燕軍士氣大降，而魏軍卻已重整。拓跋珪乘慕容寶撤退的機會追擊，屢敗燕軍。慕容寶恐懼下更拋下大軍率二萬騎兵速返中山；又怕被追上，命令士兵拋棄戰衣及兵器輕裝撤還。其時大量燕兵因大風雪而凍死，很多後燕朝臣及兵將都被俘或投降。

拓跋珪曾派[[賀狄干]]向後秦獻馬一千匹並請結婚姻，不過其時拓跋珪已立慕容氏為皇后，故此後秦君主[[姚興]]拒絕了婚姻要求並強留賀狄干，兩國遂有嫌隙。天興五年（402年）後秦高平公[[沒弈干]]和屬部[[黜弗]]及[[素古延]]分別遭北魏常山王[[拓跋遵]]及材官將軍[[和突]]領兵進侵，其中拓跋遵軍更曾追擊至[[瓦亭]]，另魏平陽太守[[貮塵]]又進攻秦河東之地。這些行動威脅到秦都長安，關中各城白天都閉著城門，亦令得後秦準備進攻北魏<ref>《晉書·姚興傳上》：「魏人襲沒奕於，於棄其部眾，率數千騎與赫連勃勃奔於秦州。魏軍進次瓦亭，長安大震，諸城閉門固守。魏平陽太守貳塵入侵河東。興於是練兵講武，大閱於城西，於勇壯異者召入殿中。引見群臣於東堂，大議伐魏。」</ref>。拓跋珪亦在該年舉行閱兵，又命并州各郡送穀物到平陽郡的乾壁儲存以防備秦軍進攻。

天興五年（402年）六月，後秦派軍進攻北魏，攻陷了乾壁。拓跋珪則派毗陵王[[拓跋順]]及豫州刺史[[長孫肥]]為前鋒迎擊，自率大軍在後。八月，拓跋珪至永安（今山西[[霍縣]]東北），秦將[[姚平]]派二百精騎視察魏軍但盡數被擒，於是撤走，但在柴壁遭拓跋珪追上，於是據守柴壁。拓跋珪圍困柴壁，而姚興則率軍來救援姚平，並要據天渡運糧給姚平。

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