即位後，首先迎娶[[關白]][[藤原賴通]]的養女[[藤原嫄子]]入宮，立為中宮。其後又陸續將[[藤原教通]]之女[[藤原生子]]、[[藤原賴宗]]之女[[藤原延子]]等等迎入後宮，但這些女性都沒有生下皇子。後朱雀天皇在病危之際，決心讓位給親仁親王，並以尊仁親王做下一任的皇太子。寬德二年一月十六日（1045年2月5日）讓位，兩天後出家，同日駕崩，享年三十七歲。